Jimly melihat, terlepas dari soal siapa yang benar dalam permasalah Ketua Mahkamah Agung (MA), apakah presiden atau DPR yang benar dalam menafsirkan undang-undang, yang jelas dua institusi ini sederajat. "Apabila kedua intitusi ini berbeda pendapat dalam menafsirkan suatu undang-undang, maka siapa yang harus menyelesaikan?," tanya Jimly.
Untuk itu Jimly mengusulkan mekanismenya di masa mendatang, penyelesaian sengketa penafsiran UU seperti antara presiden dan DPR saat ini, oleh Mahkamah Konstitusi. Mahkamah Konstitusi ini, menurut Jimly, bukan hanya menyelesaikan sengketa antara lembaga tinggi negara, melainkan juga sengketa antara pemerintah pusat dengan pemerintah daerah dan antara daerah-daerah. Misalnya saja terjadi segketa dalam rangka otonomi daerah seperti saat ini.
Jimly berpendapat, penting sekali institusi yang tidak memihak. Oleh karena itu, Jimly mengusulkan dibentuk lembaga tertinggi negara yang baru. "Karena kita sedang melakukan perubahan undang-undang dasar, saya mengusulkan dicantumkan pembentukan Mahkamah Konstitusi itu," kata Jimly.
Jimmly mengusulkan segera diadakan Sidang Istimewa MPR untuk membentuk Mahkamah Konstitusi. Alasannya, akan banyak kejadian-kejadian serupa di mana DPR dan Presiden, DPR dan Mahkamah Agung, atau Mahkamah Agung dengan Presiden, saling berbeda pendapat dalam banyak masalah.
"Karena kita memasuki era demokrasi dan reformasi, tentu kemungkinan akan terjadinya sengketa itu akan terbuka. Oleh karena itu conflict management dan conflict resolution-nya harus diselesaikan melalui Mahkamah Konstitusi," cetusnya.
Sidang Istimewa
Menurut Jimly, posisi Mahkamah Konstitusi ini tidak bisa dipegang oleh Mahkamah Agung. Mahkamah Agung hanya mungkin melakukan judicial review terhadap peraturan perundang-undangan di bawah UU. Namun, bisa saja nanti judicial review ini juga terhadap Undang-Undang Dasar dan keseluruhan peraturan perundang-undangan di bawah UUD, termasuk UU.
Namun menurut Jimmly, terhadap konflik yang menyangkut penafsiran undang-undang dasar atau konflik yang menyangkut Mahkamah Agung, tidak bisa diselesaikan oleh Mahkamah Agung sendiri. "Persoalan yang terjadi sekarang ini adalah menyangkut kewenangan MA sendiri, sehingga tidak mungkin MA lah yang menyelesaikannya," katanya.