Dana yayasan paling banyak mengucur ke Bank Duta. Bank ini menerima dana dari Yayasan Supersemar sebesar AS$419,664 juta (atau Rp3,441 triliun dengan kurs sekarang Rp8.200 per 1 AS$). Dana dari Yayasan ditransfer tiga kali melalui NV de Indonesische Overzee Bank (Indover Bank) Amsterdam ke rekening Bank Duta. Dana ini digunakan untuk menutupi kerugian Bank Duta akibat permainan valuta asing yang melibatkan Dicky Iskandar Dinata. Sementara kelompok usaha Kosgoro ikut kecipratan dana Supersemar sebesar Rp10 miliar dalam rangka pembelian saham Gedung Kosgoro.
Sebagai ketua yayasan, Soeharto dianggap tidak "amanah" . Buktinya, dana Yayasan Trikora yang seharusnya digunakan untuk beasiswa bagi anak yatim piatu dari anggota TNI yang gugur dalam pembebasan Irian Barat juga melenceng.
Sampai 31 Juli 1999, Yayasan Trikora menghimpun dana Rp26,409 miliar. Namun dana ini tidak semuanya utuh karena Rp7,065 miliar disalurkan kepada Yayasan Purna Bhakti Pertiwi Rp 3,353 miliar dan Yayasan Dewan Penyantun Museum Purna Bhakti Pertiwi Rp3,5 miliar. Yayasan inilah yang mengelola Museum Purna Bhakti Pertiwi di Taman Mini Indonesia Indah.
Namun para pegawai negeri dan anggota TNI mestinya kecewa berat. Pasalnya, dana potongan dari gaji pegawai negeri dan TNI juga bocor. Dana Yayasan Amal Bakti Muslim Pancasila yang dikumpulkan dari sumbangan Korpri dan anggota TNI serta masyarakat mencapai Rp78,975 miliar.
Yayasan Amal Bakti Muslim Pancasila membangun 97 mesjid di seluruh Indonesia senilai Rp21,710 miliar. Namun, bendahara Yayasan memasukkan biaya PPN 10% dalam nilai kontrak. Padahal menurut Keppres Nomor 8 tahun 1995, kewajiban membayar PPN 10% ditanggung pemerintah. Dana yayasan sebesar Rp1,974 ini dinikmati oleh tiga perusahaan: PT Purna Wira Danu perkasa, PT Serambi Puri Alam, dan PT Isa Pratama.
Putra-putri Presiden
Bambang Trihatmodjo, putra ketiga Soeharto menerima kucuran dana dari Yayasan Dana Sejahtera Mandiri hampir Rp450 miliar atau tepatnya Rp442.816.963.031,25. Dana ini mengalir ke dua bank yang sebagian sahamnya milik Bambang. Dana yang didepositokan di Bank Andromeda Rp 112,723 miliar dan di Bank Alfa Rp330,094 miliar dengan rekening yang berbeda.
Sayangnya dana yayasan itu tidak dapat ditarik kembali. Pasalnya Bank Andromeda dilikuidasi pada 1 November 2000. Sementara Bank Alfa ditutup dengan status Bank Beku Usaha pada 13 Maret 2000. Kedua bank ini salah kelola, antara lain karena tidak menganut azas prudential banking.