Akibat tidak mempublikasikan hasil kerjanya, hal ini tentu saja menyebabkan badan lain yang memiliki kewenangan untuk melakukan penindakan menjadi terhambat. Selain itu, rendahnya kualitas sumber daya manusia dari BPK belum memadai. Misalkan, kemampuan untuk melakukan forensik audit.
Padahal hal ini menjadi sangat penting untuk mewujudkan good governance. Pada akhirnya, keterbatasan tersebut akan menghambat penyidikan tindak pidana korupsi di lingkungan pemerintahan
Berdasarkan UU No. 5 tahuan 1973, dalam melakukan tugas pengawasan dan pemeriksaan, seharusnya badan ini melakukan pemeriksaan terhadap obyek pemeriksaan yang bersifat makro strategis atau dalam nilai yang besar.
Akan tetapi, berdasarkan laporan Hapsem (Hasil Pemeriksaan Sementara) dan Haptah (Hasil Pemeriksaan Akhir Tahun), ternyata BPK masih melakukan pemeriksaan terhadap obyek yang kecil. Padahal pekerjaan tersebut merupakan kewenangan dari APIP (Aparat Pengawasan dan Pemeriksaan).
FPPP (Fraksi Persatuan Pembangunan) dalam pandangan fraksinya yang disampaikan oleh Surya Dharma Ali mengatakan bahwa BPK harus lebih aktif dalam memeriksa keuangan negara. Pemeriksaan yang dilakukan tidak terbatas pada apa yang termuat dalam APBN, tetapi juga yang terdapat dalam BUMN. "Hal ini penting dilakukan untuk mencegah kebocoran-kebocoran baru," kata Surya.
Kemudian yang harus dilakukan oleh BPK adalah ketegasan dalam menegakkan aturan. Tidak pandang bulu terhadap pelaku KKN di masa yang lalu dan masa mendatang. "Ini merupakan komitmen kita bersama sebagai bangsa," tegas Surya dalam pandangan fraksinya.
Hal senada juga ditegaskan oleh Simon Patrice Morin dari Fraksi Partai Golkar (F-PG).F-PG berpendapat bahwa untuk meningkatkan peran dari BPK dalam melakukan pengawasan terhadap keuangan negara, BPK perlu diberi kewenangan yang lebih besar dan bebas dari pengaruh kekuasaan pemerintah.