Untuk Kewajiban penyelenggara sistem elektonik adalah melakukan sertifikasi Sistem Elektronik yang dikelolanya sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan; menjaga kebenaran, keabsahan, kerahasiaan, keakuratan dan relevansi serta kesesuaian dengan tujuan perolehan, pengumpulan, pengolahan, penganalisisan, penyimpanan, penampilan, pengumuman, pengiriman, penyebarluasan, dan pemusnahan Data Pribadi; memberitahukan secara tertulis kepada Pemilik Data Pribadi jika terjadi kegagalan perlindungan rahasia Data Pribadi dalam Sistem Elektronik yang dikelolanya;
Penyelenggara Sistem Elektronik juga wajib memiliki aturan internal terkait perlindungan Data Pribadi yang sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan; menyediakan rekam jejak audit terhadap seluruh kegiatan penyelenggaraan Sistem Elektronik yang dikelolanya; memberikan opsi kepada Pemilik Data Pribadi mengenai Data Pribadi yang dikelolanya dapat/atau tidak dapat digunakan dan/atau ditampilkan oleh/pada pihak ketiga atas Persetujuan sepanjang masih terkait dengan tujuan perolehan dan pengumpulan Data Pribadi.
Masih terkait kewajibannya, Penyelenggara system Elektronik wajib memberikan akses atau kesempatan kepada Pemilik Data Pribadi untuk mengubah atau memperbarui Data Pribadinya tanpa mengganggu sistem pengelolaan Data Pribadi, kecuali ditentukan lain oleh ketentuan peraturan perundang-undangan; memusnahkan Data Pribadi sesuai dengan ketentuan dalam Peraturan Menteri ini atau ketentuan peraturan perundang-undangan lainnya yang secara khusus mengatur di masing-masing Instansi Pengawas dan Pengatur Sektor untuk itu; dan menyediakan narahubung (contact person) yang mudah dihubungi oleh Pemilik Data Pribadi terkait pengelolaan Data Pribadinya.
Dalam rangka memudahkan penyelenggaraan perlindungan data pribadi dalam sistem elektronik, dirjen Kemenkominfo memberdayakan partisipasi mayarakat melalui edukasi mengenai pengertian data pribadi; hakikat data pribadi yang bersifat privasi; pengertian persetujuan dan konsekuensinya; pengertian sistem elektronik dan mekanismenya; hak pemilik, keeahiban pengguna, dan kewajiban pebyelenggara sistem; ketentua penyelesaian sengketa; dan ketentua perundangan-undangan terkait lainnya.
Apabila pemilik data pribadi merupakan kategori anak-anak, pemberian persetujuan sebagaimana yang di maksud dalam permen ini dilakukan oleh orang tua atau wali anak yang bersangkutan.
Sementara untuk penyelenggara sistem elektronik yang telah menyediakan, menyimpan, dan mengelola data pribadi sebelum Permen ini berlaku, wajib tetap menjaga kerahasiaan data pribadi yang telah ada.