Padahal, menurut para Pemohon dalam lingkungan (struktur) IDI terdapat beberapa majelis yang sifatnya otonom, seperti Majelis Kehormatan Etik Kedokteran (MKEK), Majelis Pengembangan Pelayanan Keprofesian (MPPK), dan Majelis Kolegium Kedokteran Indonesia (MKKI). Pengertian IDI dalam pasal tersebut dinilai menempatkan majelis-majelis tersebut menjadi subordinat dari PB-IDI. Khususnya bagi MKKI yang berakibat pada kesewenangan PB-IDI untuk campur tangan dalam bidang akademis/pendidikan dokter.
Dampak negatif dari pasal-pasal tersebut, menurut para Pemohon apabila tidak dikoreksi atau direvisi akan menjadikan PB-IDI menguasai atau mengendalikan bidang kedokteran dari hulu hingga ke hilir karena tidak terciptanya mekanisme check and balances diantara lembaga-lembaga dalam lingkungan IDI sebagaimana dipraktikkan senior-senior IDI pada masa-masa tahun 2000-an.
Untuk itu, frasa “Ikatan Dokter Indonesia” dalam Pasal 1 angka 12 dalam organisasi profesi adalah Ikatan Dokter Indonesia untuk dokter dan Persatuan Dokter Gigi Indonesia untuk dokter gigi bertentangan dengan UUD 1945 sepanjang tidak dimaknai “Ikatan Dokter Indonesia dengan struktur kepemimpinan yang terdiri dari Pengurus Besar Ikatan Dokter Indonesia (PB-IDI), Majelis Kolegium Kedokteran Indonesia (MKKI), Majelis Kehormatan Etik Kedokteran (MKEK), dan Majelis Pengembangan Pelayanan Keprofesian (MPPK) yang masing-masing memiliki wewenang dan tanggung-jawab sesuai tugasnya.”
Menyatakan frasa “pendidikan dan pelatihan kedokteran atau kedokteran gigi berkelanjutan oleh organisasi profesi” dalam Pasal 28 ayat (1) yang berbunyi, “Setiap dokter atau dokter gigi yang berpraktik wajib mengikuti pendidikan dan pelatihan kedokteran atau kedokteran gigi berkelanjutan yang diselenggarakan oleh organisasi profesi dan lembaga lain yang diakreditasi oleh organisasi profesi dalam rangka penyerapan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi kedokteran atau kedokteran gigi” bertentangan dengan UUD dan tidak memiliki kekuatan hukum mengikat secara bersyarat sepanjang tidak dimaknai sebagai “pendidikan dan pelatihan kedokteran atau kedokteran gigi berkelanjutan oleh organisasi profesi dengan pengawasan pemerintah dan KKI sebagai regulator.”
Pemohon juga meminta frasa “kolegium” dalam Penjelasan Pasal 29 ayat (3) huruf d dalam hal “Sertifikat kompetensi dikeluarkan oleh kolegium yang bersangkutan” bertentangan dengan UUD 1945 dan tidak memiliki kekuatan hukum mengikat secara bersyarat sepanjang tidak dimaknai sebagai “kolegium dokter spesialis, sedangkan kolegium untuk dokter (basic medical doctor) adalah fakultas kedokteran dan atau gabungan fakultas kedokteran yang berakreditasi tertinggi.”
Dan, frasa “kolegium dibentuk oleh organisasi profesi” dalam Pasal 1 angka 13 dalam hal “Kolegium kedokteran Indonesia dan Kolegium Kedokteran Gigi Indonesia adalah badan yang dibentuk oleh organisasi profesi untuk masing-masing cabang disiplin ilmu yang bertugas mengampu cabang disiplin ilmu tersebut” bertentangan dengan UUD 1945 dan tidak memiliki kekuatan hukum mengikat secara bersyarat sepanjang tidak dimaknai sebagai “kolegium dibentuk oleh organisasi profesi dengan disahkan, dibina, dan diawasi oleh Konsil Kedokteran Indonesia (KKI).”