Modus tindak pidana korupsi yang dilakukan para pelaku semakin beragam. Indonesia Corruption Watch (ICW) menemukan setidaknya 12 modus operandi dalam perkara yang masuk kategori extraordinary crime tersebut, mulai dari penyalahgunaan anggaran, suap, penggelembungan nilai/harga (mark up), pungutan liar, penggelapan, laporan fiktif, penyalahgunaan wewenang, gratifikasi, pemotongan anggaran, anggaran ganda, proyek fiktif, hingga mark down.
Dari seluruh modus tersebut Wakil Ketua Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) Lili Pintauli Siregar dalam suatu kesempatan menyatakan suap adalah yang paling sering digunakan oleh para pelaku selama KPK berdiri. Sementara ICW menyebut pada 2019 jumlah korupsi pengadaan barang dan jasa sebanyak 174 atau 64 persen dari 271 perkara di tahun tersebut dan merugikan keuangan negara sebesar Rp957 miliar. Dalam kasus korupsi yang merugikan keuangan atau perekonomian negara, tugas penegak hukum adalah memulihkannya.
Aparat penegak hukum biasanya menggunakan sejumlah cara yang untuk memulihkan kerugian keuangan negara akibat tindak pidana korupsi. Pertama, bersamaan dengan hakim menjatuhkan hukuman pidana, jika ada kerugian keuangan negara maka terdakwa akan dikenakan uang pengganti apabila uang terdakwa tidak mencukupi, maka hartanya disita untuk dilelang.
Cara kedua, adalah melalui gugatan perdata negara terhadap orang atau korporasi yang melakukan tindak pidana korupsi. Pasal 32 ayat (1) UU No. 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi, sebagaimana diubah dengan UU No. 20 Tahun 2001 (UU Pemberantasan Tipikor) menyebutkan dalam hal penyidik menemukan dan berpendapat bahwa satu atau lebih unsur tindak pidana korupsi tidak terdapat cukup bukti, sedangkan secara nyata telah ada kerugian negara, maka penyidik segera menyerahkan berkas perkara hasil penyidikan tersebut ke Jaksa Pengacara Negara atau diserahkan kepada instansi yang dirugikan untuk mengajukan gugatan.
