Untuk tugas, fungsi, susunan organisasi dan tata kerja kantor wilayah tersebut ditetapkan oleh Menteri Agama setelah mendapat persetujuan tertulis dari menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang aparatur negara. Sedangkan untuk melaksanakan tugas teknis operasional dan/atau tugas teknis penunjang di lingkungan Kemenag dapat dibentuk unit pelaksana teknis, yang dipimpin oleh Kepala.
“Ketentuan lebih lanjut mengenai tugas, fungsi, susunan organisasi, dan tata kerja Kementerian Agama ditetakan oleh Menteri (Agama) setelah mendapat persetujuan tertulis dari menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang aparatur negara,” demikian bunyi Pasal 76 Perpres tersebut.
Sementara pada Pasal 78 disebutkan, pada saat Perpres ini mulai berlaku, seluruh jabatan yang ada beserta pejabat yang memangku jabatan di lingkungan Kemenag tetap melaksanakan tugas dan fungsinya sampai dengan dibentuknya jabatan baru, dan diangkat pejabat baru berdasarkan Perpres ini.
“Peraturan Presiden ini mulai berlaku pada tanggal diundangkan,” demikian bunyi Pasal 80 Perpres yang diundangkan oleh Menteri Hukum dan HAM Yasonna H. Laoly pada tanggal 15 Juli 2015 itu.