Indonesia memiliki keanekaragaman hayati yang tinggi. Data Departemen Kehutanan sebagaimana dikutip Badan Pembinaan Hukum Nasional menyebutkan Indonesia memiliki keanekaragaman spesies satwa yang sangat tinggi dengan 12% (515 spesies, 39% endemik) dari total spesies binatang menyusui; 7,3% (511 spesies, 150 endemik) dari total spesies reptilia; 17% (1531 spesies, 397 endemik) dari total spesies burung; 270 spesies amfibi, 100 endemik; 2827 spesies binatang tidak bertulang belakang selain ikan air tawar. Selain itu Indonesia memiliki 35 spesies primata, 18% endemik; 121 spesies kupu-kupu, 44% endemik; 1400 spesies ikan air tawar.
Untuk mamalia, misalnya, Indonesia bahkan memiliki spesies mamalia endemik terbanyak di dunia, yaitu sebanyak 670 spesies. Untuk kelompok burung, Indonesia memiliki jumlah spesies terbanyak pertama di Asia (kelima di dunia), yaitu sebanyak 1561 spesies. Peneliti Zoologi pada Pusat Penelitian Biologi LIPI, Rosichon Ubaidillah dalam sebuah diskusi pada 2020 silam menyebutkan, 12% mamalia dunia ada di Indonesia. Spesies terbanyak terdapat di Kalimantan dan jenis spesies endemik tertinggi terdapat di Papua dan Sulawesi.
Sementara itu status dan tren keanekaragaman hayati Indonesia menjadikan Indonesia sebagai salah satu pusat agro biodiversitas dunia dengan 10% spesies dari total spesies tumbuhan dunia. Flora dan fauna di tujuh pulau utama Indonesia, yaitu Sumatera, Kalimantan, Jawa, Sulawesi, Lesser Sunda, Moluccas dan Papua sangat mendominasi.
Peneliti Pusat Biomaterial LIPI, Dede Heri Yuli Yanto pernah menyebutkan data keanekaragaman hayati Indonesia 2019, terdapat 2.273 spesies fungi yang telah diidentifikasi di Indonesia. Indonesia juga diperkirakan memiliki 86.000 spesies fungi dari 1,5 juta–3 juta fungi dunia. Namun, status dan tren keberagaman flora dan fauna ini terus berpacu dengan laju kepunahan.
