Selain itu terkait dengan temuan BPK yang menyebutkan bahwa pelaksanaan perjanjian kerjasama antara PT KBN dan PT KTU untuk mendirikan PT KCN dalam rangka pengelolaan pelabuhan di kawasan Marunda tidak sesuai dengan perjanjian dan jangka waktu pelaksanaanya yang terlambat, hasil temuan BPK itu tidak pernah disampaikan oleh KBN baik secara lisan maupun tertulis kepada PT KTU sebagai mitra KBN.
Dalam hal ini PT KCN mengklaim bahwa PT KBN menghilangkan kata “pelaksanaan” sehingga mengesankan perjanjian tersebut seolah cacat sejak lahir. Padahal sebenarnya pelaksanaanya yang dipersoalkan oleh BPK karena dianggap tidak sesuai dengan perjanjian.
Selanjutnya, PT KCN sebagai operator pelabuhan Marunda yang telah mengoperasikan sebagian dermaga Pier 1, sesuai amanat UU No.17 Tahun 2008 tentang Pelayaran harus tunduk pada skema konsesi. “Menjalankan skema konsesi ini sesuai dengan amanat UU. Jadi bukan inisiatif atau keinginan KCN,” tandasnya.
Sementara, pakar hukum maritim Chandra Motik berpendapat sengketa antara PT KBN melawan anak usahanya PT KCN sebaiknya dapat diselesaikan dengan dialog internal agar pengembangan Pelabuhan Marunda tetap berjalan.
"Mumpung belum ada putusan inkracht di MA, sebaiknya ada dialog-dialog yang dilakukan di internal terlebih dahulu. Karena, kalau tidak ada solusi dikhawatirkan akan menggangu kinerja Pelabuhan Marunda," katanya seperti dilansir Antara.