Pengacara rektor sempat mendalilkan bahwa Rektor Universitas Trisakti bukanlah pejabat tata usaha negara sebagaimana dimaksud pasal 1 butir 2 UU No. 5 Tahun 1986. Tetapi majelis berpandangan lain. Meskipun seorang Rektor diangkat yayasan dan Senat, tetap ada campur tangan berupa ‘persetujuan' dari Menteri Pendidikan. Dengan demikian Rektor tersebut dalam menerbitkan keputusan dikualifisir sebagai Pejabat TUN, oleh karenanya dapat digugat di PTUN.
Rektor PTS sebagai objek PTUN juga terdapat pada putusan MA No. 210K/TUN/2001, dalam sengketa antara Henki Idris Issakh melawan Rektor Universitas Tarumanegara. Perkara ini berkaitan dengan pemilihan Dekan Fakultas Ekonomi. Walaupun penggugat mendapatkan suara terbanyak dalam pemilihan, yang diangkat Rektor justeru calon lain. Akhirnya Henki menggugat SK Rektor No. 021-SKR/UNTAR/III/2000 tertanggal 7 Maret 2000.
Di tingkat PN, gugatan Henki dikabulkan, SK Rektor yang menjadi objek sengketa dinyatakan tidak sah. Tetapi di tingkat banding, putusan itu dibatalkan. Barulah di tingkat kasasi, gugatan Henki kembali dikabulkan. Majelis hakim agung (Ny. Hj Asma Samik Ibrahim, M. Laica Marzuki, dan H. Benjamin Mengkoedilaga) berpendapat bahwa Rektor PTS ‘melaksanakan urusan pemerintahan di bidang pendidikan'. Majelis merujuk antara lain pada UU No. 2 Tahun 1980 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan PP No. 60 Tahun 1999 tentang Pendidikan Tinggi. Lagi pula, urai majelis, sudah ada yurisprudensi MA No. 269K/TUN/1996 tertanggal 5 Juli 1998.