Pengamat politik Andi Malarangeng berpendapat bahwa sampai sekarang pemerintahan Gus Dur belum juga melahirkan berbagai ketentuan dan prosedur kepada daerah untuk melaksanakan otonomi daerah sebagaimana yang tertuang dalam UU No.22 Tahun 1999 tentang Otonomi Daerah dan UU No. 25 Tahun 1999 tentang Perimbangan Keuangan Pusat dan Daerah.
Andi menyebutkan bahwa salah satu ketidakseriusan pemerintahan Gus Dur dalam melaksanakan amanat otonomi daerah terlihat dengan ditempatkannya badan otonomi daerah setingkat dengan direktorat jendral di Departemen Dalam Negeri dan urusan otonomi daerah. "Padahal sebelumnya kedudukan badan otonomi daerah setingkat kementrian negara," kata Andi.
Sebenarnya tugas badan otonomi daerah cukup besar. Pertama, melakukan monitoring dan evaluasi terhadap pelaksanaan otonomi daerah. Kedua, membuat ketentuan kebijakan-kebijakan umum mengenai bagaimana otonomi daerah dilaksanakan. Ketiga, melakukan koordinasi terhadap semua lembaga-lembaga dan departemen-departemen di pusat agar membuat kebijakan sesuai dengan semangat otonomi daerah.
"Sulit nantinya direktur jendral otonomi daerah kalau berhadapan dengan menteri atau kepala lembaga di tingkat pusat untuk membicarakan masalah kebijakan yang berkaitan dengan daerah, karena posisinya yang tidak sejajar", jelas Andi yang juga mantan anggota KPU (Komisi Pemilihan Umum) dari wakil pemerintah.
Lebih lanjut, Andi menjelaskan bahwa sesungguhnya otonomi daerah dan proses demokratisasi merupakan solusi dari bahaya diintegrasi yang melanda berbagai daerah selama ini. Alasannya, selama 32 tahun daerah mengalami berbagai proses ketidakadilan dan penganiayaan oleh pemerintah pusat. "Khususnya keadilan pembagian kewenangan kekuasaan daerah dan pembagian keuangan antara pusat dan daerah yang tidak adil," tegas Andi.
Batas 1 Januari 2001
Andi menambahkan bahwa pelaksanaan otonomi daerah paling lambat dilaksanakan pada 1 Januari 2001. Apabila sampai akhir tahun 2000 pemerintah pusat belum juga membuat regulasi mengenai bagaimana pelaksanaan otonomi daerah, maka daerah dapat membuat ketentuan peraturan daerahnya sendiri. "Dan itu akan melahirkan chaos di mana-dimana", ujar Andi yang pernah menjadi staf ahli Menteri Negara Otonomi Daerah saat dipimpim Prof. Dr. Ryaas Rasjid.
Melihat perkembangan pemerintahan Gus Dur yang tidak serius melaksanakan otonomi daerah dan bila sampai akhir 2000 belum juga terealisasi, Andi khawatir pemerintahan Gus Dur dianggap gagal untuk menjalankan amanat Tap MPR No.IV/MPR/2000. "Sehingga, bisa dianggap melanggar konstitusi dan berdasarkan perubahan kedua pasal 18 UUD 1946 dapat di-impeach," tegas Andi.
Andi menjelaskan bahwa secara keseluruhan otonomi daerah merupakan pembagian retribusi dari pembagian kekuasaan antara pusat dan daerah, sehingga tidak ada lagi kekuasaan maupun cabang kekuasaan yang secara sentralitik maupun hegemonik pada satu kekuasaan (baca: pemerintah pusat). "Dan itu merupakan jaminan jalannya demokrasi dengan adanya check and balances, baik secara vertikal maupun horizontal," tegas Andi.