Kedua, memakai kembali sistem yang menurut Bagir dulu sempat diterapkan. Yakni perwira sebagai pengadil. Dengan sistem ini, peradilan militer tidak perlu mengirimkan hakim militer disuatu daerah jika ada kekurangan hakim. Cukup meminta Komando Daerah Militer setempat untuk menyediakan tenaga perwira yang diperlukan.
Sayangnya Bagir tidak menjawab secara tegas saat ditanya apakah idenya ini akan diusulkan dalam Rancangan Undang-Undang Peradilan Militer yang saat ini masih dalam pembahasan Panitia Khusus DPR.
Sementara itu, menyinggung integrasi peradilan militer dalam sistem satu atap MA, Bagir mengutarakan hal tersebut akan diupayakan secara tuntas. Salah satu indikasi positifnya adalah penyamaan besaran tunjangan hakim militer dengan hakim di lingkungan peradilan lainnya.
Selain itu, Bagir juga menyinggung rencana yang sebelumnya pernah ia lontarkan. Yakni pembangunan gedung peradilan militer yang terpisah dengan oditurat. Paling tidak pada 2007 upaya itu akan kita lakukan, tuturnya.
Masih soal sistem satu atap, satu hal yang perlu dijawab adalah dualisme pembinaan hakim militer. Apakah dibawah MA atau masih di bawah kendali Panglima TNI. Soal ini Bagir menggunakan dua pendekatan. Jika masih terkait dengan tugas keprajuritan, maka itu tetap wewenang Panglima TNI. Namun, jika menyangkut urusan peradilan, maka hakim militer berada dibawah MA. Termasuk soal sanksi, MA bisa memberikan sanksi jika menyangkut tugas peradilan, tegasnya.
Dengan jumlah hakim pengadilan militer yang hanya berjumlah 73 sampai 75 orang, perlu dipikirkan cara mengadili di peradilan militer, demikian ungkap Ketua Mahkamah Agung (MA) Bagir Manan, dalam acara pelantikan Direktur Jendral Badan Peradilan Militer dan Tata Usaha Negara MA, Kepala Peradilan Militer Utama dan Kepala Peradilan Militer Tinggi I Medan, di gedung MA, Kamis (7/9).
Mayjend Sonson Basar dilantik sebagai Dirjen Badan Peradilan Militer dan Tata Usaha Negara, Brigjend M. Pandjaitan sebagai Kepala Peradilan Militer Utama (Kadilmiltama), dan Kol. Santoso dilantik sebagai Kepala Mahkamah Militer Tinggi I Medan.
Menurut Bagir, idealnya jumlah hakim militer berkisar seratusan orang. Hal ini mengingat jumlah pengadilan militer, permasalahan yang dihadapi dan budaya yang ada di tubuh kemiliteran begitu beragam.
Dalam kesempatan itu Bagir mengungkapkan dua alternatif soal mekanisme mengadili di peradilan militer untuk menyiasati minimnya jumlah hakim militer. Pertama, mengadili tidak dengan sistem majelis. Tapi dengan sistem hakim tunggal untuk perkara yang tidak terlalu pelik. Misalnya saja pelanggaran disiplin prajurit.