Namun setelah diselidiki KPK ternyata ada dugaan penyalahgunaan kekuasaan. Selain penunjukan langsung TKW, dalam proyek ini negara juga dirugikan akibat keterlambatan penyediaan barang. Seyogianya seluruh peralatan senilai Rp9,2 miliar sudah harus diserahkan kepada BRKP paling lambat 16 Desember 2003. Faktanya, baru diserahkan pada 24 Maret 2004. Ironisnya, sebelum barang diterima, seluruh uang proyek sudah dicairkan. Padahal saat itu TKW belum memenuhi pengadaan dua unit barang berupa seaming machine dan contract plate freezer.
Sebagai imbalan penunjukan TKW, perusahaan tersebut menyetorkan uang sekitar Rp530 juta ke BRKP melalui Sekretaris dan Bendahara Proyek. Majelis hakim pimpinan Moefri memberikan kesempatan kepada terdakwa dan pengacaranya Reni Tri Wulandari untuk menyampaikan pledoi pada sidang lanjutan 5 Februari mendatang.
Tuntutan lima tahun penjara itu disampaikan Jaksa dalam persidangan lanjutan perkara korupsi pengadaan barang dan jasa di lingkungan Departemen Kelautan dan Perikanan di Pengadilan Tipikor (29/01). Selain lima tahun penjara, Andjar Suparman juga diminta membayar denda Rp250 juta subsider tiga bulan kurungan, plus uang pengganti sebesar Rp150 juta.
Andjar Suparman dipersalahkan bersama-sama terdakwa lain disidang terpisah (Dasirwan dan Jules Fulop Pattiasina –sudah divonis masing-masing empat tahun penjara) melakukan tindak pidana korupsi ketika mengurus proyek pengadaan peralatan laboratorium Kelautan dan Perikanan (DKP) tahun anggaran 2003.
Sesuai uraian jaksa, terdakwa Andjar Suparman telah mengarahkan pimpinan proyek untuk memenangkan perusahaan tertentu, yaitu PT Tirta Kencana Wahana. Terdakwa menjabat sebagai Sekretaris Badan Riset Kelautan dan Perikanan (BRKP) yang secara struktural menjadi atasan langsung pimpro. Dalam proyek ini, pimpronya adalah Dasirwan, sementara Ketua Panitia Pengadaan Barang dan Jasa adalah Jules Fulop Pattiasina. Menurut jaksa Tumpak Simanjuntak, terdakwa telah menyalahgunakan kekuasaan sebagai atasan langsung Pimpro.
Caranya sederhana. Terdakwa menganjurkan bawahannya untuk memenangkan PT Tira Kencana Wahana (TKW). Alasannya, TKW sudah menjanjikan tips 5 persen dari nilai proyek kepada BRKP. Agar pengadaan barang itu tidak terkesan sebagai penunjukan langsung, terdakwa bersama-sama dengan orang lain membuat dokumen perusahaan pendamping. Dalam pertemuan di Hotel Kaisar yang membahas evaluasi prakualifikasi, beberapa karyawan TKW diikutsertakan.
Hasil penyidikan KPK menunjukkan ada empat perusahaan lain sebagai pendamping TKW yaitu PT Charmarista Gita Jaya, PT Berkat Gabe Jaya, PT Daya Merry Persada, dan PT Lian Surya. Celakanya, orang-orang yang menerima kuasa mengurus kepentingan empat perusahaan pendamping tadi adalah karyawan TKW. Rekayasa itu akhirnya berjalan mulus dan TKW tampil sebagai pemenang.