BPPN berdasarkan UU No. 10 tahun 1998 tentang Perubahan atas UU No. 7 Tahun 1992 tentang Perbankan disebutkan berada di bawah Menteri Keuangan. Namun berdasarkan PP No.63 Tahun 2001, BPPN kini resmi berada di bawah Menteri Negara BUMN.
PP No. 63 Tahun 2001 berisi tentang pengalihan kedudukan, tugas, dan kewenangan Menteri Keuangan pada BPPN. Hal ini diatur dalam PP No. 17 Tahun 1999 tentang BPPN sebagaimana telah beberapa kali diubah terakhir dengan PP No. 47 Tahun 2001 kepada Meneg BUMN.
Pengalihan kewenangan dari Menkeu kepada Meneg BUMN perihal BPPN itu sendiri berjalan agak tersendat-sendat. Pasalnya sejak diputuskan bahwa BPPN akan berada di bawah Meneg, PP yang menjadi dasar hukum pengalihan kewenangan tersebut belum muncul hingga 13 September.
Pengalihan setengah hati
Pengalihan kewenangan Menkeu kepada Meneg BUMN atas BPPN terlihat setengah hati. Pasalnya, walaupun keberadaan BPPN menjadi di bawah Meneg BUMN, bukan berarti segala urusan bisa diputuskan oleh Meneg BUMN.
Ada pengecualian pada beberapa hal di mana Meneg BUMN masih harus memperoleh persetujuan dari Menteri Keuangan. Di antaranya adalah bahwa Meneg BUMN harus memperoleh persetujuan dari Menkeu dalam hal pengesahan laporan keuangan akhir tahun anggaran dan penggunaan atas kelebihan penerimaan BPPN berdasarkan laporan keuangan akhir tahun anggaran.
Meneg BUMN juga harus berkonsultasi dengan Menkeu sebelum memberikan persetujuan atas rencana kerja dan anggaran tahunan BPPN. Pengalihan kedudukan, tugas dan kewenangan Menkeu kepada Meneg BUMN ternyata juga tidak termasuk kewenangan Menkeu dalam rangka penerbitan surat utang guna pembiayaan penyertaan modal sementara oleh BPPN.
Pengalihan setengah hati itu kemudian terlihat dari pasal dalam PP No. 63 Tahun 2001 yang menyebutkan bahwa dalam melaksanakan tugas dan fungsinya, BPPN menyampaikan pertanggungjawaban dan laporan pelaksanaan tugas serta laporan keuangan kepada Menteri Keuangan melalui Meneg BUMN.