Marzuki mengatakan bahwa pihak polisi mestinya sudah dapat melakukan pengungkapan terjadinya peledakan tersebut. Karena menurutnya, yang mempunyai kemampuan di bidang peledakan, baik peralatan maupun keahlian, 'wilayahnya sangat terbatas'.
Apabila polisi mengalami hambatan-hambatan terhadap proses penyelidikan untuk mengungkapkan terjadinya peledakan bom tersebut, Marzuki menduga adanya unsur militer yang terlibat.
"Jika ini terjadi (militer terlibat, red), maka ada yang tidak beres di militer. Akibatnya, jalannya reformasi jadi tidak aman," ujar Marzuki.
Instruksi presiden
Marzuki juga mengatakan bahwa instruksi presiden kepada panglima TNI untuk membantu penyelidikan Polri dalam pengungkapan peledakan bom tersebut adalah upaya untuk segera menyelesaikan dan mengungkapkan siapa di balik peledakan bom tersebut.
Apabila peledakan bom ini tidak terungkap, seperti juga peledakan bom sebelumnya di Kejagung dan di Kedutaan Besar Filipina, Marzuki menilai bahwa itu akan membentuk suatu pola. Pelakunya akan melakukan tindak kekerasan yang berulang. Namun demikian, Marzuki tidak menutup kemungkinan adanya pihak lain yang merakit bom tersebut. "Kan sekarang mudah dipelajari lewat internet," cetusnya.
Marzuki juga tidak membantah kemungkinan adanya kaitan antara peledakan bom di BEJ maupun bom mobil di dekat Departemen Pertanian yang terjadi satu hari menjelang persidangan Soeharto. "Kedua kejadian peledakan tersebut mungkin ada kaitannya dengan proses persidangan tersebut. Karena hal itu mudah untuk disimpulkan," tambah Marzuki.
Namun Marzuki menegaskan bahwa hal tersebut tidak akan menghambat proses hukum Soeharto. "Karena peristiwa-peristiwa kekerasan tersebut tidak langsung menghentikan jalannya proses persidangan Soeharto".