Sejumlah LSM telah mengajukan judicial review terhadap Perpu No.1/2002 dan Perpu No.2/2002. Pasalnya, kedua peraturan perundang-undangan tersebut dinilai bertentangan dengan UUD 1945 dan peraturan perundang-undangan setingkat UU. Salah satu dasar hukum pengajuan judicial review tersebut adalah ketentuan hukum dalam TAP MPR No.III/MPR/2000.
Anggota Komisi II DPR dari Fraksi Partai Bulan Bintang, Hamdan Zoelva mengimbau agar dalam memeriksa permohonan judicial review atas Perpu No.1/2002 dan Perpu No.2/2002, Mahkamah Agung memikirkan secara mendalam akibat-akibat hukum apabila kedua Perpu tersebut dibatalkan atau dinyatakan batal demi hukum.
"Saya kira, Mahkamah Agung harus memikirkan masalah ini secara mendalam seluruh akibat-akibat hukum yang akan terjadi jika saja judicial review itu dikabulkan dan Perpu itu dianggap tidak sah atau batal demi hukum karena bertentangan dengan Undang-undang Dasar," tegasnya saat ditemui hukumonline di gedung DPR.
Seperti ditulis Republika (24/01), Menteri Kehakiman dan HAM Yusril Ihza Mahendra mengatakan bahwa jika MA me-review Perpu No.1/2002 dan Perpu No.2/2002, maka seluruh tersangka bom Bali harus dibebaskan karena batal demi hukum. Ia juga menegaskan bahwa Perpu, sesuai dengan Pasal 22 UUD 1945, memberikan hak kepada Presiden untuk menerbitkan Perpu dalam hal kegentingan yang memaksa.
Senada dengan Yusril, Hamdan juga mengatakan bahwa dalam memeriksa permohonan judicial review atas kedua Perpu tersebut, MA hendaknya tidak hanya menggunakan pertimbangan-pertimbangan formalistis semata-mata.
Pasal 4 ayat (2) TAP MPR No.III/MPR/2000 menyebutkan, sesuai dengan tata urutan peraturan perundang-undangan ini, setiap aturan hukum yang lebih rendah tidak boleh bertentangan dengan aturan hukum yang lebih tinggi. Memang, menurut TAP MPR tersebut, Perpu berada di bawah UUD 1945, TAP MPR, dan UU.
Sementara itu, di dalam Pasal 24A ayat (1) UUD 1945 antara lain disebutkan bahwa Mahkamah Agung berwenang mengadili pada tingkat kasasi, menguji peraturan perundang-undangan di bawah undang-undang terhadap undang-undang, dan mempunyai wewenang lainnya yang diberikan oleh undang-undang.