Penetapan Kota Batam sebagai kawasan dan pelabuhan bebas dianggap mengancam proses pembangunan dan penyelenggaraan pemerintahan di kota itu sebagai daerah otonom.
Atas dasar itu, Ta’in Komari, seorang warga Batam mengajukan uji materi UU No. 44 Tahun 2007 tentang Penetapan PerppuNo. 1 Tahun 2007 tentang Perubahan Atas UU 36 Tahun 2000 Tentang Penetapan Perppu No. 1 Tahun 2000 tentang Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas ke MK.
Dalam sidang pemeriksaan pendahuluan yang diketuai Maria Farida Indrati, Ta’in menilai penetapan kota Batam sebagai kawasan perdagangan dan pelabuhan bebas berdasarkan UU Penetapan Perpu itu tidak sejalan dengan UU Pemerintah Daerah, UU Penanaman Modal, dan UU Kepabeanan.
“Adanya pertentangan satu UU dengan UU yang lainnya, justru kami mempertanyakan kedudukan UU ini, untuk apa ada UU ini?” kata Ta’in yang berprofesi sebagai dosen di Universitas Riau Kepulauan ini.
Dia menilai lahirnya UU No. 44 tahun 2007 ini merupakan bentuk frustasinya pemerintah yang tidak mampu membentuk kawasan bebas sesuai amanat UUD 1945.Soalnya, merujuk UU Penetapan Perpu ini, justru kota Batam memiliki dualisme pemerintahan. Pertama, munculnya Badan Pengusahaan Kawasan Batam (BP Batam) yang memiliki kewenangan sama dengan Pemerintah Kota Batam.
Misalnya, dalam urusan perizinan bagi pembangunan dan investasi di Batam, BP Batam memiliki peran lebih penting daripada pemerintah kota Batam. “Ketika seseorang ingin menginvestasikan usahanya di Batam, izin itu dikeluarkan oleh BP Batam. Sedangkan pemerintah hanya mem-back up saja,” ungkap Ta’in mencontohkan.
Adanya dualisme ini, menurut Ta’in akan membingungkan masyarakat dan warga luar yang ingin melakukan investasi. “Kalau kita bicara pemerintahkan berarti pemerintah kota Batam. Nah, BP Batam ini apa? Kalau memang badan usaha yaa tidak boleh menguasai wilayah,” tambahnya.