Dalam perkara itu, Rustam diketahui telah menunjuk langsung PT Armada Usaha Bersama selaku pelaksana pengadaan bus sebagai sarana pengangkutan di jalur busway. Penunjukan PT Armada dilakukan tanpa melalui tender. Rustam juga yang mengajukan permohonan itu langsung ke Gubernur.
Rustam bersama dengan Budhi Susanto (Dirut PT Armada Usaha Bersama) telah melakukan mark-up terhadap harga bus yang digunakan untuk sarana busway, baik yang bermerk Mercedes maupun Hino. Selain itu, terdakwa juga memberikan keringanan Bea Balik Nama Kendaraan Bermotor (BBNKB) untuk kendaraan busway, sehingga menguntungkan PT Armada Usaha Bersama.
Rustam menurut majelis juga terbukti membuat Surat Keputusan tentang Penetapan Status Kendaraan Umum atau bus-bus yang diadakan Budhi Susanto sehingga Kepala Dinas Pendapatan Daerah DKI Jakarta memberikan keringanan 25 persen biaya balik nama atas dasar SK Rustam
Atas tindakan tersebut, Rustam dianggap melanggar Keputusan Presiden Nomor 18 Tahun 2000 dan Nomor 80 Tahun 2003 tentang Pedoman Pelaksanaan Pengadaan Barang/Jasa Instansi Pemerintah. Selain itu, terdakwa juga dinilai tidak mengindahkan SK Gubernur DKI Jakarta No. 175 tahun 2002 dan No. 108 tahun 2003 tentang Tata Cara Pelaksanaan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah.
Usai pembacaan putusan, baik Rustam maupun penuntut umum KPK menyatakan pikir-pikir.
Dalam sidang korupsi pengadan sarana busway yang digelar di Pengadilan Tindak Pidana Korupsi, Kamis (8/2), mantan Kepala Dinas Perhubungan (Kadishub) DKI Jakarta Rustam Effendi Sidabutar dinyatakan bersalah.
Majelis hakim yang diketuai Moerdiono menjatuhkan vonis tiga tahun penjara serta denda Rp200 juta subsidair enam bulan kurungan. Putusan majelis ini lebih ringan dibandingkan dengan tuntutan penuntut umum sebelumnya yang menuntut Rustam lima tahun penjara dan denda Rp500 juta
Menurut majelis, Rustam tidak terbukti melakukan tindak pidana yang didakwakan dalam dakwaan primair. Rustam menurut majelis justru terbukti melakukan tindak pidana yang didakwakan dalam dakwaan subsidair. Yaitu melanggar hukum yang diatur dalam Pasal 3 jo Pasal 18 UU No. 31 Tahun 1999 sebagaimana diubah dengan UU No. 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Korupsi jo pasal 55 ayat (1) kesatu jo Pasal 64 ayat (1) KUHP.
Dalam pertimbangannya, majelis menyatakan Rustam yang berkedudukan sebagai Kepalda Dinas Perhubungan (Kadishub) DKI Jakarta telah menyalahgunakan kewenangan, kesempatan dan sarana yang ada padanya selaku pengguna barang (busway, red). Menurut majelis, atas perbuatan Rustam negara dirugikan sebesar Rp10,6 miliar. Perinciannya, pengadaan sarana busway tahun 2003, Rp6,3 miliar, tahun 2004, Rp3,5 miliar dan untuk biaya balik nama Rp794 juta.
Meski demikian, majelis menyatakan fakta dipersidangan tidak dapat membuktikan bahwa uang tersebut dinikmati oleh Rustam. Karena dianggap tidak menerima uang kerugian negara itu, penuntut menurut majelis tidak mampu membuktikan dakwaan dalam Pasal 18 UU Korupsi. Oleh karenanya, Rustam tidak dapat dibebani membayar uang pengganti kerugian negara.