Dalam perkembangan, penyusunan RUU KUHP terus diharmonisasi dengan konvensi-konvensi internasional yang berlaku. Kemudian pada tahun 1999, Muladi, sebagai Menteri Kehakiman saat itu, kembali membentuk tim perumus untuk untuk mengkaji ulang RUU KUHP 1993. Harapannya, tim ini dapat membahas substansi yang akan menimbulkan kontroversi secara lebih bijaksana. Rancangan kedua ini pun akhirnya tersusun pada 1999.
Dalam kurun waktu 2000-2004 telah dilakukan sosialisai, seminar, dan lokakarya, guna mendapatkan masukan-masukan dan pada akhirnya konsep tahun 2007 telah disampaikan kepada presiden. Muladi menambahkan, walaupun RUU KUHP telah sampai ke tangan presiden, namun pengajuan undang-undang ke DPR tergantung dari komitmen Menteri Hukum dan HAM.
Menyikapi hal ini, Yulianto, berpendapat lain. Menurut dia saat ini Menteri Hukum dan HAM, masih ingin melakukan revisi terhadap konsep RUU KUHP yang ada dengan melakukan penyelarasan dengan keputusan Mahkamah Konstitusi, misalnya tentang delik penghinaan terhadap presiden. Kalau sudah begini, tidak akan maju-maju, ujarnya.
Namun demikian, meski ada putusan Mahkamah Konstitusi, Muladi enggan mengubah RUU KUHP yang sudah ada. Lebih baik jika rancangan yang sudah ada segera diajukan ke DPR. Biar saja mengalir di DPR, nanti otomatis di sana akan ada penyesuaian dan penganuliran, tandasnya.
Hendrayana, Direktur Eksekutif LBH Pers, mengingatkan bahwa pembahasan di DPR akan memakan waktu yang lama, karena akan terjadi tarik menarik kepentingan politik. Ditambah lagi, DPR akan segera mengalami pergantian karena adanya pemilu.
Hukum Acara Pers
Dalam pertemuan ini mengemuka hal yang unik dari Muladi dalam menyikapi hasil penemuan LBH Pers. Hasil penelitian LBH Pers menunjukan bahwa delik-delik pers yang diatur dalam RUU KUHP dapat memberangus kebebasan pers. Sebab pasal-pasal tersebut masih mempidanakan jurnalis. Padahal UU No. 40 Tahun 1999 memberikan perlindungan kepada jurnalis dalam melakukan kegiatan jurnalistik.
Menanggapi hal itu, Muladi tetap memandang perlu ada pembatasan terhadap kebebasan pers. Pembatasan itu dilakukan agar pers tidak merugikan kepentingan orang lain, kepentingan umum, keamanan nasional, dan moralitas dalam negara demokrasi.
Meski demikian, ia setuju ada perlakuan khusus terhadap pers. Namun kekhususan ini tidak dapat diakomodir dalam delik-delik RUU KUHP, melainkan melalui revisi UU Pers. Menurutnya, dalam revisi tersebut harus diatur secara tegas tentang hukum acara sengketa pers, yaitu melalui dewan pers dan mekanisme hak jawab. Muladi mengatakan akan menggunakan hasil pengkajian tersebut sebagai ‘mesiu' dalam pembahasan RUU KUHP di DPR.
Ketua Tim Perumus RUU KUHP Prof. Muladi berharap RUU yang ada segera dibahas oleh Dewan Perwakilan Rakyat. Selain sudah puluhan tahun disusun, naskah yang ada sudah mengalami beberapa kali perubahan setelah melalui seminar, sosialisasi, dan pertemuan ilmiah.
Harapan tersebut disampaikan Muladi saat ditemui Tim Advokasi RUU KUHP di Gedung Lemhanas, Selasa (17/4). Tim advokasi yang menemui Muladi antara lain dari Konsorsium Reformasi Hukum Nasional (KRHN), LBH Pers, ELSAM, dan Wahid Institute.
Kepala Divisi Politik KRHN Yulianto menjelaskan bahwa Rancangan KUHP (RUU KUHP) telah masuk Program Legislatif Nasional 2004, sehingga pemerintah harus segera mendorong pembahasan RUU KUHP di DPR. Ia menambahkan KUHP yang berlaku sudah tidak layak untuk diterapkan dalam masyarakat Indonesia yang makin berkembang.
Menanggapi hal itu, Muladi mengatakan bahwa dalam kurun waktu 25 tahun, konsep Rancangan KUHP telah mengalami banyak perubahan. Perubahan ini merupakan konsekuensi dari uji konsep melalui sosialissi, seminar dan pertemuan ilmiah. Selain itu, Tim Penyusun RUU KUHP juga sering mengalami perubahan. Hal ini disebabkan anggota tim mengalami mutasi, alih tugas dan bahkan ada yang telah meninggal dunia.
Tim yang dibentuk pada 1982 telah berhasil membuat RUU KUHP pada 1991 dan hasilnya telah disampaikan Menteri Kehakiman Ismail Saleh. Namun rancangan tersebut kemudian disusun ulang oleh Dirjen Hukum dan Perundang-undangan untuk diselaraskan. Penyusunan ulang tersebut dilakukan selama dua tahun, sehingga RUU KUHP baru eksis pada 1993.