Seorang direktur utama perseroan terbatas yang tidak melaporkan usahanya padahal memenuhi syarat untuk dijadikan wajib pajak badan dapat dimintai pertanggungjawaban hukum. Tuduhannya bisa melanggar Pasal 39 ayat (1) Undang-Undang No. 6 Tahun 1983 tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan, sebagaimana terakhir diubah dengan UU No. 16 Tahun 2009 (UU KUP). Tetapi seorang penuntut umum harus bisa membuktikan pelanggaran yang dilakukan pengusaha. Jika ada alasan pengusaha yang dibenarkan oleh hukum, maka upaya yang dilakukan penuntut umum menjadi sia-sia.
Setidaknya, pengalaman semacam itu pernah menimpa seorang pengusaha perumahan di Manado Sulawesi Utara. Mahkamah Agung memutuskan si pengusaha lepas dari segala tuntutan hukum karena fakta membuktikan sudah ada Nomor Pokok Wajib Pajak sejak 2007, tiga tahun sebelum aparat penegak hukum menuduh si pengusaha melanggar UU KUP.
Hakim Mahkamah Agung juga menyalahkan prosedur yang ditempuh Kantor Pajak yang menerbitkan laporan pemeriksaan bukti permulaan, Surat Perintah Penyidikan, dan Surat Perintah Dimulainya Penyidikan (SPDP) karena jika wajib pajak keberatan atas denda, maka yang ditempuh bukan jalur pidana, melainkan jalur pengadilan pajak. (Simak putusan Mahkamah Agung No. 1014 K/Pid.Sus/2016 tanggal 6 oktober 2016).
Masalah tanggung jawab Wakil Wajib Pajak termasuk bagian yang mendapat perhatian ketika pemerintah dan DPR menyetujui bersama Undang-Undang No. 7 Tahun 2021 tentang Harmonisasi Peraturan Perpajakan (UU HPP). Menteri Keuangan Sri Mulyani mengatakan UU HPP berusaha mengoptimalkan penerimaan pajak, tetapi dalam pelaksanaannya berhati-hati.
