Namun, belum sempat dilimpahkan ke pengadilan, Kejaksaan Agung, saat itu melalui Hendarman Supandji (yang saat itu masih menjabat sebagai Jampidsus) keburu mengambil alih kasus Paulus untuk dilakukan penyidikan terhadap dugaan korupsinya. Belakangan, muncul surat dari Menteri Keuangan Sri Mulyani kepada Jaksa Agung (saat itu dijabat Abdul Rahman Saleh) yang menjelaskan perihal sudah dilunasinya tunggakan pajak beserta dendanya. Atas dasar itu, Jaksa Agung kemudian memerintahkan Kajati DKI untuk menghentikan penuntutan perkara Paulus. Kemudian, diterbitklanlah SKPP bernomor Kep-01/O.1/Ep.2/01/2007 oleh Kepala Kejaksaan Tinggi DKI Jakarta tertanggal 16 Januari 2007 oleh Kajati DKI Jakarta. Dengan kata lain, kasus penggelapan pajak Paulus Tumewu tutup buku karena sudah mengembalikan keuangan negara.
Alasan penghentian penuntutan inilah yang membuat Boyamin curiga. Menurutnya, mengacu pada ketentuan Pasal 140 Ayat (2) huruf a KUHAP, disebutkan alasan penghentian penuntutan adalah tidak terdapatnya cukup bukti, atau peristiwa tersebut ternyata bukan tindak pidana, atau perkara ditutup demi hukum. Jadi tidak ada alasan penghentian (penuntutan, red) karena telah membayar keuangan negara, tegas Boyamin yang juga berprofesi sebagai advokat.
Lebih jauh Boyamin berpendapat, alasan penghentian penuntutan seperti yang diutarakan Kejati DKI dapat beimplikasi pada cideranya prinsip kepastian dan kesamaan di depan hukum. Karena pada prinsipnya, pengembalian dan atau pembayaran kekurangan keuangan negara, tidaklah menghapus pidana.
Sementara dalam jawabannya, Kajati DKI yang diwakili kuasa hukumnya, Robert M. Tacoy membantah tudingan Boyamin. Menurut Robert, SKPP diterbitkan berdasarkan surat Jaksa Agung perihal penghentian penyidikan wajib pajak atas nama Paulus Tumewu yang menanggapi surat Menkeu tertanggal 19 Oktober 2006. Surat Menkeu itu, pada prinsipnya meminta penghentian penyidikan kasus Paulus atas dasar ketentuan alasan Pasal 44 B UU No 16 Tahun 2000 jo.UU No 1994 jo UU No 6 Tahun 1993 tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan.
Pasal 44 B Ayat (1) UU Pajak menjelaskan, untuk kepentingan negara, atas permintaan menteri keuangan, Jaksa Agung dapat menghentian penyidikan tindak pidana di bidang perpajakan. Sedangkan dalam Ayat (2) pasal tersebut, disebutkan bahwa penghentian penyidikan hanya dilakukan jika wajib pajak sudah melunasi pajak yang tidak atau kurang atau yang tidak seharusnya dikembalikan, ditambah dengan sanksi administrasi berupa denda sebesar empat kalinya.
Dalam kasus Paulus Tumewu, sambung Robert, sesuai dengan surat Menkeu dijelaskan, kekurangan pajak Paulus pada tahun 2004 adalah sebesar Rp7,994 milyar. Berdasarkan Surat Setoran Pajak tanggal 31 Oktober 2006, Paulus Tumewu telah menyetor uang sejumlah Rp31,978 milyar sebagai denda dari kekurangan pajak yang harus dibayarkan, katanya. Sebelumnya, pada 28 November 2005, Paulus juga telah menyetorkan kekurangan pajaknya yang Rp7,994 milyar.
Terhadap dalih Robert, Boyamin ganti menyerang balik. Menurutnya harus dibedakan antara denda sebagai sanksi adminstrasi dan sanksi pidana. Apabila pelanggaran pajak telah memasuki tahapan penyidikan maka yang berlaku adalah sanksi pidana. Apalagi sudah dinyatakan P21, imbuhnya.
Selain itu, Boyamin beranggapan Pasal 44 B tersebut hanya memberikan kewenangan penghentian penyidikan kepada Jaksa Agung. Bukan menghentikan penuntutan. Penghentian penuntutan tetap harus berdasar ketentuan KUHAP, tandasnya.
Paulus Tumewu, Dirut PT Ramayana Lestari Sentosa, pantas untuk was-was dalam beberapa hari ke depan. Pasalnya, Boyamin Saiman, seorang aktivis anti korupsi asal Jawa Tengah, sedang mempraperadilankan Kepala Kejaksaan Tinggi (Kajati) DKI Jakarta karena telah mengeluarkan Surat Ketetapan Penghentian Penuntutan (SKPP) perkara penggelapan pajak dengan tersangka Paulus Tumewu.
Dalam permohonan ke Pengadilan Negeri Jakarta Selatan, Boyamin tidak sendirian. Bersama dengan Supriyadi, seorang aktivis mahasiswa Jakarta, Boyamin ingin kembali mengungkap kasus penggelapan pajak yang dilakukan oleh Paulus Tumewu dengan menuntut agar SKPP dinyatakan tidak sah dan batal demi hukum.
Boyamin menuturkan, perkara ini bermula pada September 2005, Penyidik Pegawai Negeri Sipil (PPNS) Direktorat Jenderal Pajak Depkeu telah melakukan penyidikan dugaan tindak pidana penggelapan dan atau penyimpangan pajak terhadap tersangka Paulus Tumewu yang berjumlah Rp7,994 milyar.
Saat itu, Paulus diduga menurunkan (mark down) nilai pendapatan kotor (omzet) dua perusahaannya, Ramayana dan Robinson Departement Store, agar kewajiban pajaknya juga kecil. Kemudian pada pertengahan September 2005, setelah dirasakan cukup bukti, penyidik kemudian melakukan dan penangkapan terhadap Paulus. November 2005, berkas dilimpahkan ke Kejaksaan Tinggi DKI Jakarta dan dinyatakan lengkap untuk diajukan ke pengadilan atau lazim dikenal dengan istilah P-21.
