Kewajiban sertifikat halal ini menyangkut kewajiban pelaku usaha yang diamanatkan Pasal 25 UU Jaminan Produk Halal. Pertama, pelaku usaha yang telah memperoleh sertifikat halal wajib mencantumkan Label Halal terhadap produk yang telah mendapat Sertifikat Halal. Kedua, menjaga kehalalan produk yang telah memperoleh sertifikat halal. Ketiga, memisahkan lokasi, tempat dan penyembelihan, alat pengolahan, penyimpanan, pengemasan, pendistribusian, penjualan, dan penyajian antara Produk Halal dan tidak halal. Ketiga, memperbarui Sertifikat Halal jika masa berlaku Sertifikat Halal berakhir. Keempat, melaporkan perubahan komposisi bahan kepada BPJPH.
Jika ditemukan bukti bahwa produk yang sebelumnya telah bersertifikat halal terdapat kandungan tidak halal/haram di dalamnya, berarti pelaku usaha yang bersangkutan telah melanggar kewajiban. Atas pelanggaran ini, pelaku usaha dikenakan sanksi administratif berupa peringatan tertulis, denda administratif, atau pencabutan Sertifikat Halal. Tak hanya itu, pelaku usaha yang tidak menjaga kehalalan produk yang telah memperoleh sertifikat halal, dapat dihukum dengan pidana penjara paling lama 5 tahun atau dengan paling banyak Rp2 miliar.
