Menurutnya, biaya operasional kantor mulai listrik, telepon, internet, pemeliharaan gedung hingga mutase pegawai membutuhkan anggaran besar. Sedangkan masing-masing kejaksaan negeri memiliki beberapa unit kendaraan operasional. Dikatakan Prasetyo, dalam Daftar Isian Pelaksaan Anggara (DIPA) tahun 2016, Kejaksaan Agung mendapat Rp 4 triliun dari APBN.
Sayangnya, berdasarkan jumlah tersebut anggaran yang diperuntukkan lembaga yang dipimpinnya justru mengalami pengurangan. Dengan demikian, Prasetyo bersama jajarannya merasa kekurangan anggaran dalam menangani banyak perkara, termasuk perkara perdata
“Kami dalam DIPA di dalam tahun 2016 Kejaksaan terdapat Rp 4 triliun, namun sesuai Inpres (Instruksi Presiden) anggaran Kejaksaan harus melakukan pemotongan. Anggaran Kejaksaan, biaya penanganan perkara baik untuk perkara umum dan khusus dan perdata sangat jauh mencukupi,” pungkas Prasteyo yang mantan Jampidum itu.