Temuan-temuan yang didapatkan Komnas HAM memperlihatkan adanya pelanggaran HAM yang juga dilakukan oleh aparat neggara.
Penelitian Komnas HAM sendiri memilih tema Hak atas memilih dan memeluk agama yang termasuk ke dalam forum internum. Yossa menerangkan, Forum internum mencakup kebebasan individu untuk memilih agama atau keyakinannya, menganut serta melaksanakan agama dan keyakinan itu dalam lingkup privat. Karenanya, “forum internum adalah forum privat yang tidak bisa dibatasi apapun.”
Penelitian dilakukan di enam wilayah, yaitu Tanggerang, Lebak, Sukabumi, Tasikmalaya, Blora, dan Solo. Keenam wilayah itu dipilih karena banyak pengaduan yang berasal dari sana. Menurut Yossa, fenomena beragama dan berkeyakinan di enam wilayah itu cukup tinggi. Banyak aliran-aliran kepercayaan yang direspon secara radikal oleh kelompok-kelpompok masyarakat tertentu.
Ketua Komnas HAM Ifdhal Kasim menerangkan bahwa sejak amandemen kedua UUD 1945, jaminan atas kebebasan beragama menempati tempat yang tinggi. “Dari sudut legalnya, hak atas kebebesan beragama mendapatkan perlindungan yang sangat kuat dalam rezim hukum kita,” terangnya.
Namun dalam implementasinya, masih terdapat diskriminasi bahkan reaksi radikal dari masyarakat. Menurut Ifdhal, masalahnya bukan melulu terletak di masyarakat. Tetapi negara juga memiliki peran dalam menegakkan hukum. Hal-hal yang sudah diatur secara normatif harus diaktualisasikan dalam penegakan hukumnya.
“Sebagian besar masalahnya sebetulnya di luar masyarakat, yaitu pada aparat Negara, terutama dalam kemampuannya menegakkan hukum,” ujar Ifdhal.
Direktur Eksekutif Wahid Institute, Ahmad Suaedy mempersoalkan keberadaan Badan Koordinasi Pengawasan Aliran Kepercayaan dalam Masyarakat (Bakorpakem). Menurutnya, keberadaan Bakorpakem justru diperkukuh dan masih tertera secara eksplisit di UU No 16 Tahun 2004 tentang Kejaksaan.