Partai yang belum terdaftar di Departemen Hukum dan HAM ini dituduh oleh kelompok islam sebagai partai komunis, reinkarnasi dari Partai Komunis Indonesia. Menjawab tuduhan tersebut, Agus Jabo Priyono menegaskan partainya hanya menganut ideologi kedaulatan rakyat saja.
Selain itu, Pengurus Papernas menyebutkan bahwa hak asasinya yang berkaitan kebebasan berserikat dan berkumpul serta mengeluarkan pendapat sebagai mana yang diatur Pasal 28 UUD 1945 telah dilanggar. Dan bagi mereka ini merupakan pelanggaran HAM berat.
Tetapi Abdul Hakim memiliki argumentasi yang berbeda. Menurutnya hak asasi untuk berserikat dalam Pasal 28 tersebut bukanlah hak yang mutlak. Hak tersebut dapat dibatasi oleh negara untuk kepentingan umum dan pembatasan tersebut harus dibatasi oleh UU urainya. Oleh sebab itu, ia mengusulkan Papernas bersilahturahmi kepada Mahkamah Konstitusi (MK). Alasannya, MK adalah lembaga penafsir konstitusi, sehingga diharapkan Papernas mengetahui secara komprehensif maksud Pasal 28 itu.
Menurut Munarman, salah seorang tim advokat Forum Ummat Islam, pengaduan Papernas kepada Komnas HAM sah-sah saja. Munarman juga menegaskan Teman-teman FPI yang melakukan kekerasan kemarin itu silahkan saja ditindak secara yuridis, secara orang-perorang.
Namun Munarman memberi catatan. Secara ideologis ia menolak eksistensi Papernas yang dituduhnya sebagai gerakan kiri baru. Tetapi Papernas juga harus ditindak karena kita masih memiliki UU yang melarang paham marxisme, leninisme, dan komunisme tambahnya. Pernyataan Agus Jabo bahwa ideologi Papernas kedaulatan rakyat, dianggap Munarman cuma kamuflase saja.
Munarwan tak begitu yakin dengan upaya pembubaran Papernas secara yuridis melalui MK, bila sudah terdaftar di Departemen Hukum dan HAM. Karena, yang bisa menjadi pemohon adalah Pemerintah. Dan mantan Direktur YLBHI Jakarta ini tidak yakin pemerintah akan melakukan hal tersebut, karena sikap pemerintah saat ini tidak jelas.
Setelah melaporkan Ketua Front Pembela Islam (FPI) Habib Rizieq Shihab ke Polda Metro Jaya pada 4 April 2007, Partai Persatuan Pembebasan Nasional(Papernas) mengadukan FPI ke Komisi Nasional HAk Asasi Manusia (Komnas HAM). Pengaduan ini adalah buntut penganiayaan dan pengeroyokan anggota dan simpatisan Papernas oleh massa FPI pada 29 Maret 2007.
Dalam pengaduan yang disampaikan pengurus Papernas dan simpatisannya yang menjadi koban, Ketua Papernas Agus Jabo Priyono menyatakan Komnas HAM harus mengusut aktor intelektual dibalik peristiwa itu.
Ada tendensi apa dibalik semua ini, karena kami melihat persoalan ini tidak hanya terjadi di Jakarta tetapi terjadi juga di beberapa daerah di Pulau Jawa pada saat konsolidasi Partai. FPI hanya sekelompok orang yang tidak tahu, yang disuruh dan hanya pemain lapangan urainya.
Ketua Komnas HAM Abdul Hakim Garuda Nusantara dan dua komisioner lainnya yang menerima pengaduan ini mendapat penjelasan bahwa terdapat 26 korban dan 14 bus rusak pada peristiwa tersebut. Pengurus Papernas mempertanyakan mengapa polisi tidak melakukan tindakan pencegahan.
Abdul Hakim menyatakan tugas Komnas HAM hanya mengurus masalah yang berkaitan dengan kekerasan saja, Komnas HAM tidak akan meneliti apa ideologi Papernas yang memicu massa FPI untuk melakukan kekerasan.