Namun pada tahun 1990-an, Ahmadiyah berkembang cepat di Indonesia. Perkembangan itu menjadi lebih cepat setelah Hadhrat Khalifatul Masih IV atba, Hadhrat Tahir Ahmad, mencanangkan program Baiat Internasional dan mendirikan Moslem Television Ahmadiyya (MTA).
Ahmadiyah menemukan puncak kejayaannya di Indonesia terjadi pada masa kepemimpinan Presiden Abdurrahman Wahid atau akrab disapa Gus Dur. Saat itu, dengan terang-terangan Gus Dur menyatakan siap membela warga Ahmadiyah.
Namun, itu tak berlangsung lama. Zuhaeri Misrawi, lulusan Fakultas Ushuludin Universitas Al Azhar, Kairo, yang meneliti Ahmadiyah secara intensif sepanjang lima tahun terakhir ini mencatat, penentangan umat Islam Indonesia terhadap Ahmadiyah paling masif terjadi pada era pemerintahan Susilo Bambang Yudhoyono.
Penentangan yang disertai tindak kekerasan diawali tahun 2005 yang mengakibatkan markas Ahmadiyah di Parung, hancur. Berikutnya, terjadi di Kuningan, Makassar, Lombok Barat, dan wilayah lainnya. Pada tahun itu juga, MUI menegaskan kembali fatwa sesat kepada Ahmadiyah.
Atas nama Pemerintah Indonesia, Menteri Agama, Menteri Dalam Negeri dan Jaksa Agung pada tanggal 9 Juni 2008 mengeluarkan Surat Keputusan Bersama, yang memerintahkan kepada penganut Ahmadiyah untuk menghentikan kegiatannya yang bertentangan dengan Islam.
Mubarik memahami maksud baik pemerintah membuat SKB. Selain untuk melindungi dan memberikan keamanan bagi Jemaat Ahmadiyah, SKB tersebut bisa sedikit meredam kebencian masyarakat terhadap organisasi ini. Namun, ia mengingatkan SKB tidak memiliki ikatan hukum. Hal itu seperti yang diutarakan mantan Menkum HAM Yusril Ihza Mahendra yang membuat UU No. 10 Tahun 2004 tentang Pembentukan Peraturan Perundang-undangan.
“Dalam tataran perundang-undangan kita tidak dikenal SKB. Jadi, SKB itu sama sekali tidak memiliki ikatan hukum. Begitu menurut Yusril,” ujarnya.
