Penerbitan uang kertas baru pecahan Rp1.000 sebagai alat pembayaran yang sah beserta ciri-ciri umumnya, diatur dalam Peraturan BI Nomor 2/25/PBI/2000 tertanggal 23 November 2000. Peraturan BI itu pun telah diumumkan dalam Lembaran Negara RI Nomor 207 Tahun 2000.
Penerbitan dan pengedaran uang kertas baru tersebut, menurut Siddha Karya, analis eksekutif BI, dilakukan berdasarkan perencanaan yang cermat sesuai kebutuhan masyarakat.
Setidaknya ada dua hal yang menjadi pertimbangan diterbitkannya uang kertas baru ini. Pertama, uang kertas pecahan Rp1.000 tahun emisi 1992 yang beredar saat ini telah beredar cukup lama, yaitu sekitar 8 tahun. Kedua, dalam rangka standardisasi ukuran uang kertas. Selain itu untuk meningkatkan kualitas unsur pengaman yang kasat mata, sehingga masyarakat dapat lebih mudah mengenali keaslian uang rupiah.
Kapitan Pattimura
Bentuk fisik dari uang kertas baru ini menampilkan nuansa Maluku dengan warna biru sebagai warna dominan. Entah ada kaitannya dengan konflik bernuansa SARA (Suku Agama Ras Antargolongan) yang berkepanjangan di sana atau tidak. Jika pada uang Rp1.000 lama ditampilkan gambar Danau Toba, pada uang Rp1.000 baru menampilkan gambar Pahlawan Nasional Kapitan Pattimura.
Sementara pada bagian belakang, uang kertas baru ini tidak ditampilkan lagi gambar lompat batu pulau Nias. Gambar Pulau Maitara dan Tidore kini menghiasi bagian belakang uang kertas Rp1.000 baru.
Menurut Siddha, pemilihan gambar utama berupa pahlawan nasional terutama dimaksudkan untuk lebih memberikan penghargaan yang lebih besar kepada para pahlawan nasional.
Selain itu, tampilan fisik uang kertas baru ini juga memunculkan gambar transparan berupa tanda air Cut Nyak Meutia. Uang ini pun dilengkapi dengan benang pengaman berupa plastik tembus pandang yang memuat tulisan mikro berwarna hitam "Bank Indonesia" yang utuh atau terpotong sebagian, dan memendar merah di bawah sinar ultra violet.