Setidaknya, ada dua kejanggalan yang dikeluhkan para petani, termasuk ke Komisi Yudisial. Pertama, berkaitan dengan UU No. 12 Tahun 1992 tentang Sistem Budidaya Tanaman. UU ini mengatur sanksi bagi pihak yang melakukan budidaya tanpa izin atau sertifikasi tanpa izin.
Menurut Burhana, salah seorang petani yang pernah dipidana, petani tidak mungkin memenuhi persyaratan uji coba agar mendapatkan sertifikasi. Sebab, uji coba harus dilakukan di 15 provinsi dan tiap provinsi diuji coba di lima kabupaten. Aturan ini hanya akan menguntungkan pemodal besar. Petani tak akan bisa berkembang, tandasnya. Kedua, para petani ini bisa saja dihukum kalau mereka terbukti melakukan pelanggaran terhadap UU No. 29 Tahun 2000 tentang Perlindungan Varietas Tanaman. Masalahnya, jaksa seperti enggan menggunakan UU tersebut karena perusahaan yang melaporkan pun diduga sulit membuktikan pelanggaran terhadap varietas tanaman mereka.
UU Perlindungan Varietas Tanaman (PVT) memuat sanksi kepada orang yang menggunakan varietas tanaman tanpa seizin pemegang hak PVT. Hak pemegang PVT memberikan izin kepada pihak ketiga juga berlaku untuk varietas turunan esensial yang berasal dari suatu varietas yang dilindungi atau varietas yang telah terdaftar dan diberi nama, varietas yang tidak dapat dibedakan secara jelas dari varietas yang dilindungi, dan varietas yang diproduksi dengan selalu menggunakan varietas yang dilindungi. Hak untuk menggunakan varietas meliputi kegiatan memproduksi atau memperbanyak benih, menyiapkan untuk tujuan propagasi, mengiklankan, menawarkan, menjual atau memperdagangkan, mengekspor, mengimpor, dan mencadangkan untuk keperluan.