Sementara, dalam pendapat akhirnya terhadap ratifikasi dua kovenan diatas, fraksi-PKS memberikan beberapa catatan. Antara lain Pasal I dua kovenan yang menyebutkan hak menentukan nasib sendiri sebaiknya tidak berlaku bagi upaya pemisahan diri dari NKRI. Selain itu, dua kovenan ini diharapkan menjadi bagian pertimbangan hukum dalam menerapkan kebijakan yang dapat berdampak pada pengurangan atau pelanggaran HAM seperti dalam kasus hak milik atas tanah.
Selanjutnya, F-PKS mengingatkan pada bagian II ICCPR telah sesuai dengan UU No.29/1998 tentang Ratifikasi Penghapusan Segala Bentuk Diskriminasi. Namun Indonesia mereservasi ketentuan untuk tidak menerima kewajiban mengajukan sengketa ke Mahkamah Internasional, kecuali melalui kesepakatan negara yang bersengketa. Hal ini agar Indonesia tidak dibebani warga asing yang memiliki persoalan hukum di Indonesia. Untuk itu, fraksi F-PKS berpandangan pemerintah perlu melakukan langkah yang sama sebagaimana pada UU No.29/1998.
Mengenai pelaksanaan hukuman mati di Indonesia yang bertentangan dengan Pasal 6-7 ICCPR, fraksi tersebut menilai hal ini bukan pelanggaran atas hak hidup, bentuk kekejian ataupun tindakan tidak manusiawi. Namun perlu ditekankan bahwa penegakkan hukum di Indonesia masih membutuhkan hukuman yang memiliki efek jera, terutama untuk pemberantasan narkoba dan tindak pidana korupsi.
