Majelis hakim menghukum pemerintah, walaupun menyatakan pemerintah RI cq presiden Megawati dan mantan presiden BJ Habibie tidak melakukan perbuatan melawan hukum serta menolak permintaan agar Habibie memberi ganti rugi Rp1 triliun.
Menurut majelis, para penggugat berhak menentukan pilihan apakah akan pulang ke Timor Leste dan menjadi warga negara Timor Leste atau tetap tinggal dan menjadi WNI. Bagi para pengungsi yang memutuskan untuk tetap tinggal dan menjadi WNI, pemerintah harus memberikan perlindungan bagi pengungsi untuk memperoleh kehidupan dalam lingkungan sosial yang baik dan sehat.
Mantan wakil panglima perang PPI (Pejuang pro Intregrasi) Eurico Guterres dan Nicholai Abey, mantan anggota PPI Pengungsi Timor-timur yang menyatakan mewakili 284. 148 pengungsi Tim-tim, mengajukan gugatan class action kepada pemerintah Indonesia cq presiden Megawati sebagai tergugat I dan mantan presiden BJ Habibie sebagai tergugat II.
Mereka digugat karena dianggap telah melakukan perbuatan melawan hukum. Sementara khusus untuk Habibie digugat untuk membayar ganti rugi sebesar Rp1 triliun.
Memulangkan paksa
Pemerintah Indonesia digugat karena telah mengeluarkan kebijakan untuk memulangkan secara paksa para pengungsi Timtim yang tinggal di Atambua agar kembali ke Timor Leste. Pemerintah juga dianggap membiarkan para pengungsi yang kembali ke Timor Leste tanpa perlindungan.
Para pengungsi meminta pengadilan melarang pemerintah RI melakukan upaya paksa memulangkan para pengungsi prointegrasi. Pemerintah Indonesia juga diminta menyediakan satu daerah otorita khusus bagi para pengungsi.
Sementara Habibie digugat karena dianggap bertanggungjawab secara pribadi sebagai konsekuensi dari opsi sepihak yang dikeluarkan Habibie sebagai presiden tanpa lebih dahulu meminta persetujuan DPR. Opsi itu berakibat merugikan masyarakat Timor-timur pro integrasi, baik secara moril maupun materil.