Sementara, beberapa tergugat mendalilkan seharusnya soal perubahan status kepegawaian itu dibawa ke Pengadilan Tata Usaha Negara (PTUN). Sebab itu merupakan sengketa kepegawaian, bukan perkara perdata biasa. Sebelumnya, gugatan itu terdaftar di Kepaniteraan Pengadilan Negeri Jakarta Pusat No.230/PDT.G/2009/PN.JKT.PST pada 16 Juni 2009. Dalam gugatannya, Amien Abdurachman menggugat Pemerintah c.q. Menteri Perhubungan, karena dinilai melakukan perbuatan melawan hukum terkait dengan pengalihan status penggugat dari Pegawai Negeri Sipil menjadi pegawai Perum Kereta Api.
Selain Menteri Perhubungan (Menhub), yang ikut digugat adalah Menteri Keuangan, Meneg Badan Usaha Milik Negara (BUMN), Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi, Kepala Badan Administrasi Kepegawaian Negara (BKN), dan Direksi PT Kereta Api Indonesia (persero), berturut-turut sebagai tergugat II, III, IV, V, dan VI.
Dalam gugatannya, penggugat menuntut agar pengadilan menghukum para tergugat
8 mengembalikan status penggugat menjadi Pegawai Negeri Sipil, serta ganti rugi materiil yang nilai totalnya sekitar Rp169, 489 miliar dan immaterial Rp218,181 miliar.
Dalam gugatan diterangkan PT Kereta Api Indonesia (Persero) dahulu bernama Perusahaan Jawatan Kereta Api (PJKA) atau Perum Kereta Api (Perumka). Untuk meningkatkan pelayanan jasa kereta api, maka Perusahaan Jawatan Kereta Api ini dialihkan bentuknya menjadi Perusahaan Umum. Dengan perubahan status perusahaan dari PJKA menjadi Perumka itu, pemerintah melakukan perubahan status kepegawaian yang semula PNS PJKA menjadi Pegawai Perumka.
Pada 2 Maret 1992, Menhub mengeluarkan SK No. 7 tentang Petunjuk Pelaksanaan Pengalihan Status Kepegawaian dari PNS pada PJKA menjadi Pegawai Perumka. Sebagai tindak lanjutnya, dikeluarkan SK No.18/KP 601/PHB-92 tertanggal 11 Maret 1992 tentang Pemberhentian Dengan Hormat Sebagai PNS PJKA.
Namun, proses pengalihan status kepegawaian ini berdampak negatif pada tingkat kesejahteraan pegawai dan pensiunan, karena tingkat kesejahteraan pensiunan dan mantan PNS Dephub PT KA tidak lebih baik dibandingkan dengan PNS pada umumnya.
Kerugian itu antara lain gaji pokok dasar pensiun dan tunjangan hari tua menjadi lebih kecil dibandingkan dengan pokok dasar pensiun PNS pada umumnya, pelayanan kesehatan yang dinilai tidak memadai dan berada jauh dari pelayanan yang diterima pensiunan PNS yang pada umumnya, tidak adanya kenaikan uang pensiun seperti yang dialami oleh PNS lainnya, serta tidak mendapatkan fasilitas kenaikan gaji atau pensiun ke-13.
