Jika dilihat dari kriteria tersebut, KPPU memenuhi semua karakteristik di atas kecuali soal staggered terms, mengingat periode jabatan komisioner KPPU yang ada saat ini diangkat secara bersamaan pada 2018 lalu, dan akan berakhir secara bersamaan pula nanti di 2023. Tujuan dari staggered terms ini sebenarnya adalah agar anggota komisioner bisa berganti secara bertahap, sehingga seorang presiden tidak bisa menguasai penuh kepemimpinan lembaga tersebut, karena periodesasinya tidak mengikuti periodisasi politik presiden.
Zainal sendiri dalam buku yang sama juga berpendapat bahwa meskipun banyak lembaga negara yang dinyatakan independen oleh peraturan perundang-undangan di Indonesia, namun hampir seluruh lembaga tersebut tak sepenuhnya memiliki ciri kelembagaan yang independen. Contohnya, untuk model pergantian pimpinan yang dilakukan dengan staggered terms. Menurut Zaenal, tak satupun lembaga negara independen di Indonesia memiliki pergantian kepemimpinan yang berjenjang (staggered).
Meski demikian, apabila dilihat dalam praktiknya, menurut Siti Anisah yang berkali-kali terlibat sebagai ahli dalam kasus penegakan hukum persaingan usaha, independensi KPPU relatif baik, dan tidak benar-benar ada intervensi yang serius dari pemerintah. Bahkan, Anisah menambahkan, dalam beberapa kasus yang disidangkan oleh KPPU terlapornya justru badan/lembaga pemerintah dan atau pejabat pemerintah, seperti dalam kasus importasi bawang putih. Hal tersebut menunjukkan bahwa fokus penegakan hukum persaingan usaha bukan hanya kepada pelaku usaha saja, namun pejabat pemerintahan yang bersangkutan juga, apabila ada dugaan ikut memfasilitasi/terlibat. Meski demikian, Anisah menyayangkan bahwa dalam satu dua kasus, masih terlihat ketidakseriusan KPPU dalam menangani kasus yang berkaitan dengan Badan Usaha Milik Negara (BUMN). Selain itu, dalam perjalanannya sebagai komisioner KPPU ada yang merangkap jabatan.
Selanjutnya, posisi independen yang dimiliki oleh KPPU ini pada dasarnya berkaitan erat dengan doktrin pemisahan kekuasaan. Menurut Zainal, masih dalam buku yang sama, meski pada awalnya lembaga negara independen ini bukanlah suatu cabang kekuasaan yang mandiri, namun seiring dengan eksistensi dan perkembangannya, lembaga ini mulai dikategorikan sebagai cabang kekuasaan tersendiri yang berbeda dengan cabang kekuasaan legislatif, eksekutif, dan yudikatif.
Dalam konteks KPPU, hal tersebut wajar, mengingat, selain posisi KPPU yang independen dari intervensi lembaga lain, kewenangan dan kekuasaan yang dimilikinya juga menggabungkan beberapa sifat cabang kekuasaan. Kewenangan komisi ini menggabungkan fungsi lembaga eksekutif, karena menjadi pelaksana aturan terkait persaingan usaha, lalu legislatif, karena memiliki kewenangan untuk membuat peraturan perundang-undangan yaitu Perkom, serta yudikatif sehingga disebut ‘quasi-yudisial’, karena memiliki kewenangan untuk memutuskan perkara persaingan usaha. Funk dan Seamon, yang Zaenal kutip dalam bukunya, juga mengakui bahwa penggabungan kewenangan antara eksekutif, legislatif, dan yudisial ini merupakan salah satu persoalan terkait lembaga negara independen jika dikaitkan dengan konsep pemisahan kekuasaan dalam sebuah negara.
Sehingga, kewenangan yang demikian luas cakupannya memang secara teoritik dan praktik diberikan kepada lembaga negara independen untuk menjalankan fungsinya, yang kemudian hal ini menempatkan lembaga negara tersebut sebagai cabang kekuasaan baru di luar eksekutif, legislatif, dan yudisial.
Lalu, berkaitan dengan kewenangan KPPU yang sudah ada saat ini, Siti Anisah berpendapat bahwa kewenangan tersebut perlu dikembangkan lagi, contoh kewenangan yang perlu ditambahkan adalah terkait penggeledahan dan penyadapan, karena selama ini KPPU kesulitan menemukan bukti adanya pelanggaran terutama soal perjanjian yang dilarang. Biasanya pelaku usaha tidak akan menyerahkan begitu saja dokumen-dokumen terkait kasus yang diperiksa.
