Rentetan dugaan rekayasa itu tidak terlepas dari kejanggalan penyidikan yang dilakukan polisi, seperti halnya pada kasus pembunuhan Santi, aktivis pengumpul dana kemanusiaan Ambon, dan tudingan terhadap Angkatan Mujahidin Islam Nusantara (AMIN) atas kasus pembacokan Matori Abdul Djalil.
Dalam surat resminya kepada Kapolda Metro Jaya, yang dibacakan Johnson Panjaitan, PBHI menyatakan protes keras sekaligus keberatan atas penangkapan dan penahanan yang telah dikenakan atas tersangka pelaku pengeboman Gedung BEJ, Tengku Ismuhadi dkk. Surat itu ditembuskan kepada Presiden dan Kapolri.
Setelah mencermati serangkaian tindakan penyidikan yang telah dilakukan penyidik Polda Metro Jaya terhadap para kliennya, PBHI menarik analisis hukum adanya pelanggaran terhadap ketentuan Kitab Undang-undang Hukum Acara Pidana (KUHAP). "Tindakan dalam kasus ini (penangkapan Tengku, Red) dilakukan dengan sasaran orang, bukan sasaran adanya bukti awal suatu tindak pidana," ungkap Jonhson.
Menurut Jonhson, tindakan penyidik Polda Metro jaya tersebut jelas-jelas mengebiri ketentuan Pasal 17 KUHAP dan segala kepatutan hukum. Pasal 17 KUHAP mengatur "Perintah penangkapan dilakukan terhadap seorang yang diduga keras melakukan tindak pidana berdasarkan bukti permulaan yang cukup."
Sinyalemen PBHI itu diperkuat dengan fakta Kasatserse Dipiter Polda Metro Jaya, Superintenden Winarno SP, SH yang telah melakukan kata-kata bohong. Jonhson menyatakan, pihaknya tidak diizinkan oleh penyidik Polda Metro Jaya untuk mengunjungi Tengku Ismuhadi dan kawan-kawan pada Jumat (29/9) dengan alasan Tengku sedang menjalani pemeriksaan psikhologi.
Rekayasa barang bukti
Ternyata, menurut Jonhson, Tengku mengaku tidak menjalani pemeriksaan psikhologis pada Jumat itu. Bahkan pada hari yang bersamaan, para penyidik bersama tim gegana melakukan tindak penggeledahan tanpa surat izin Ketua Pengadilan Negeri Jakarta Selatan untuk kedua kalinya di rumah Tengku. Tindakan penyidik tersebut, sebagaimana diungkap Jonhson, telah melanggar ketentuan Pasal 33 KUHAP.
Menurut informasi, penyidik menemukan dua buah amunisi pistol FN kaliber 32 dan 38 di tempat tidur anak-anak, setelah pada penggeledahan pertama (25/9) sama sekali tidak menemukan barang bukti. Kenyataan itu, menurut Jonhson, adalah sebuah kejanggalan untuk tidak mengatakan telah terjadi rekayasa barang bukti.