Setelah proses penyelidikan terdapat bukti permulaan yang cukup kemudian pimpinan KPK bersama tim penyelidik, penyidik dan penuntut umum melakukan gelar perkara pada akhir Oktober 2017. Alhasil, KPK kembali menetapkan Setya Novanto sebagai tersangka pada Jum’at (10/11) untuk kasus yang sama. Lalu, Setya Novanto tidak hadir lagi saat dipanggil sebagai saksi untuk tersangka Anang Sugiana pada Senin (13/11).
KPK lalu memanggil Setya Novanto sebagai tersangka pada Rabu (15/11). Namun pengacara Setnov, Fredrich Yunadi mengatakan Ketua Umum Partai Golkar itu tidak akan hadir memenuhi panggilan KPK. Alasannya, ada putusan MK tentang pasal 245 ayat (1) UU MD3 yaitu harus ada izin presiden dan Pasal 20A UUD 1945 yaitu anggota dewan memiliki hak imunitas, adanya permohonan uji materi tentang wewenang KPK memanggil Setya Novanto selaku Ketua DPR serta adanya tugas memimpin dan membuka sidang Paripurna DPR pada 15 November 2017.
Setya Novanto selaku anggota DPR RI periode 2009-2014 disebut-sebut bersama-sama dengan Anang Sugiana Sudihardjono, Andi Agustinus alias Andi Narogong, Irman selaku Direktur Jenderal Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kemendagri dan Sugiharto selaku Pejabat Pembuat Komitment (PPK) Dirjen Dukcapil Kemendagri dan kawan-kawan diduga melakukan tindak pidana korupsi.
Mereka diduga dengan tujuan menguntungkan diri sendiri atau orang lain atau suatu korporasi, menyalahgunakan kewenangan kesempatan atau sarana yang ada padanya karena jabatan atau kedudukan sehingga diduga mengakibatkan kerugian keuangan negara atas perekonomian negara sekurang-kurangnya Rp2,3 triliun dari nilai paket pengadaan sekitar Rp5,9 triliun dalam pengadaan paket penerapan e-KTP 2011-2012 Kemendagri.
Setya Novanto disangkakan Pasal 2 ayat (1) subsider Pasal 3 UU No 31 tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi sebagaimana telah diubah dengan UU No. 20 Tahun 2001 tentang perubahan atas UU No. 31 tahun 1999 jo Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP. (ANT)