Keberatan selanjutnya yaitu perbedaan peran antara Irman dan Sugiharto, Andi Agustinus dan juga Novanto. Irman dan Sugiharto disebut dalam dakwaan yaitu mengarahkan untuk memenangkan perusahaan tertentu, Andi Agustinus berperan mengatur dan mengarahkan untuk memenangkan perusahaan, kemudian Novanto disebut berperan melakukan intervensi dalam pengadaan barang dan jasa paket pekerjaan proyek e-KTP.
Menurut pengacara Novanto, perbedaan perbuatan materiil dari masing-masing terdakwa sesuai dengan surat dakwaan, dan unsur-unsur perbuatan melawan hukum yang didakwakan kepada masing-masing terdakwa juga berbeda. Sehingga surat dakwaan telah disusun secara tidak cermat dan tidak sesuai dengan ketentuan Pasal 143 ayat (2) huruf b KUHAP, dan dakwaan seperti ini adalah batal demi hukum.
Selain itu Novanto juga keberatan mengenai perbedaan nama yang disebut turut serta melakukan tindak pidana korupsi. Dalam surat dakwaan Irman dan Sugiharto serta Andi Agustinus, nama yang disebut bersama-sama yaitu Isnu Edhi Wijaya selaku Ketua Konsorsium Percetakan Negara Republik Indonesia (PNRI), Diah Anggraeni selaku Sekretaris Jenderal Kementerian Dalam Negeri, dan juga Drajat Wisnu Setyawan selaku Ketua Panitia Pengadaan barang/jasa di llngkungan Direktorat Jenderal Kependudukan dan Catatan Sipil tahun 2011.
Sedangkan dalam dakwaan Novanto, selain ketiga terdakwa dan nama-nama yang disebut di atas, ada juga tambahan nama yang disebut ikut bersama-sama. Mereka adalah Irvanto Hendra Pambudi Cahyo, Made Oka Masagung serta Anang Sugiana Sudihardjo. Maqdir Ismail selaku kuasa hukum Novanto mempertanyakan perbedaan ini, sebab jika surat dakwaan dipisah-pisahkan (splitsing), seperti diatur dalam Pasal 142 KUHAP yang secara umum mengenai pemisahan berkas perkara maka seharusnya dimaknai bahwa Penuntut Umum dapat saja melakukan penggabungan perkara, dan membuatnya menjadi satu dakwaan, apabila pada waktu yang sama atau hampir bersamaan ia menerima beberapa berkas perkara.
Terakhir, Novanto melalui kuasa hukumnya juga mempermasalahkan hilangnya sejumlah nama yang dalam surat dakwaan sebelumnya disebut juga menerima aliran uang e-KTP. Sebaga icontoh, Gamawan Fauzi dalam dakwaan Irman dan Sugiharto dinyatakan diduga menerima uang sebesar AS$4,5 juta dan Rp50 juta. Namun demikian dalam dakwaan Andi Agustinus jumlah fee yang diterima oleh Gamawan berubah menjadi hanya Rp50 juta. Bahkan dalam dakwaan atas nama Terdakwa Setya Novanto, nilai fee yang diduga diterima oleh Gamawan Fauzi di addendum secara sepihak oleh Penuntut Umum menjadi bertambah Rp50juta ditambah 1 unit Ruko di Grand Wijaya, dan ditambah dengan sebidang tanah di Jalan Brawijaya III, Jakarta Selatan.
Selanjutnya dalam surat dakwaan Irman dan Sugiharto, Ganjar Pranowo dinyatakan diduga menerima fee sebesar AS$520 ribu, Yasonna Laoly dinyatakan menerima fee sebesar AS$84 ribu, Olly Dondokambey diduga menerima AS$1,2 juta. Namun dalam surat dakwaan Andi Agustinus Als Andi Narogong, dan dakwaan Setya Novanto, nama-nama tersebut tiba-tiba saja hilang.
(Baca juga: Praperadilan Novanto Gugur, Tak Ada Upaya Hukum Lanjutan).
Selain yang disebut di atas, nama lain yang juga tidak ada dalam surat dakwaan Andi Narogong dan Novanto yaitu Melchias Marchus Mekeng yang dalam dakwaan Irman dan Sugiharto disebut diduga menerima AS$1,4 juta, Tamsil Lindrung senilai AS$700 ribu, Mirwan Amir senilai AS$1,2 juta, Arief Wibowo AS$108 ribu, Agun Gunandjar Sudarsa senilari AS$1,047 juta dan sejumlah nama lainnya.