BPJPH berfungsi menyusun kebijakan teknis, rencana dan program di bidang penyelenggaraan JPH. Lembaga ini juga bertugas memantau, mengevaluasi dan melaporkan pelaksaan program penyelenggaraan JPH kepada Menteri Agama. Kemudian, BPJPH juga mendukung pengujian dan riset produk halal.
Mekanisme permohonan sertifikasi produk halal ini, pelaku usaha mendaftarkan produknya kepada BPJPH untuk diuji di Lembaga Penjamin Halal (LPH) terdaftar. LPH merupakan lembaga yang diberi kewenangan untuk menguji produk dari pelaku usaha tersebut.
Permohonan sertifikasi harus dilengkapi dengan dokumen data pelaku usaha, nama dan jenis produk, daftar produk dan bahan yang digunakan dan proses pengolahan produk. Terdapat sejumlah biaya yang harus dibayar pelaku usaha saat mendaftarkan produknya untuk uji halal tersebut.
Apabila pelaku usaha tersebut telah mendapatkan sertifikasi halal maka wajib mencantumkan label halal terhadap produk yang telah mendapat sertifikat. Pencantuman label halal tertera pada kemasan produk, bagian tertentu produk atau tempat tertentu pada produk. Label halal tersebut harus mudah dilihat dan dibaca serta tidak mudah lekang.
Pelaku usaha juga wajib memisahkan lokasi, tempat dan penyembelihan, alat pengolahan, penyimpanan, pengemasan, pendistribusian, penjualan dan penyajian antara produk halal dan tidak halal. Apabila terdapat perubahan komposisi bahan, pelaku usaha juga wajib melaporkannya kepada BPJPH.
Pelaku usaha yang tidak melakukan kewajiban setelah memperoleh sertifikasi halal maka dikenai sanski administratif berupa peringatan tertulis, denda administratif dan pencabutan sertifikat halal yang telah diterima.
Produk yang wajib bersertifikasi halal tersebut merupakan prodyk yang masuk, beredar dan diperdagangkan di Indonesia. Sedangkan produk contoh atau sample tidak wajib memiliki sertifikasi halal. Jenis produk yang wajib memiliki sertifikasi halal antara lain makanan, minuman, obat, kosmetik, produk kimiawi, produk biologi, produk rekayasa genetika, barang gunaan dan jasa. Untuk jenis jasa yang wajib disertifikasi halal seperti penyembelihan, pengolahan, penyimpanan, pengemasan, pendistribusian, penjualan dan penyajian.