Walaupun pengadaan dan pemeliharaannya dilakukan tidak mengikuti prosedur, pihak HDHM tetap mengajukan permohonan pembayaran kepada pihak PT. Pelindo II dan atas permohonan tersebut TJ tetap memberikan persetujuan untuk pembayaran kepada pihak HDHM sebesar 15.165.150 dolar AS dalam beberapa tahap yaitu;
1. Pembayaran termin pertama sebesar 3.110.800 dolar AS dibayarkan melalui Bank Mandiri Cabang Jakarta Tanjung Priok
2. Pembayaran termin kedua sebesar 1.555.400 dolar AS pada 11 Mei 2010
3. Pembayaran termin Ketiga sebesar 4.666.200 dolar AS melalui "Letter of Credit"
4. Pembayaran termin keempat sebesar 3.110.800 dolar AS melalui "letter of credit" pada 15 November
5. Pembayaran termin kelima sebesar 2.333.100 dolar AS melalui "letter of credit" pada 15 November 2011
6. Pembayaran termin Keenam, sebesar 388.850 dolar AS untuk sub kontak pekerjaan pemeliharaan dengan PT Jasa Peralatan Pelabuhan (PT JPP).
Sehingga PT Pelindo II telah melakukan pembayaran ke HDHM sebesar 1.142.842,61 dolar AS padahal biaya pemeliharaan 3 QCC hanya sebesar 939.107,08 dolar AS sebagaimana pembayaran pihak HDHM kepada PT JPP selaku sub-kontraktor pekerjaan pemeliharaan "twin lift" QCC.
Akibat perbuatan RJ Lino, mengakibatkan tidak diperolehnya produk "twin lift" QCC dengan harga wajar yaitu sebesar 13.579.088,71 yang berasal dari nilai harga pokok produksi sebesar 10.000.262,85 dolar AS; margin keuntungan wajar sebesar 2.553.418,86 dolar AS; biaya lain-lain sebesar 1.025.407 dolar AS dan menyebabkan terjadinya kemahalan harga sebesar 1.974.911,29 dolar AS.
"Bahwa akibat perbuatan terdakwa melakukan intervensi pengadaan 3 unit 'Twinlift QCC' berikut pekerjaan jasa pemeliharaannya telah mengakibatkan terjadinya kerugian keuangan negara cq PT Pelabuhan Indonesia II sebesar 1.997.740,23 dolar AS," ungkap jaksa Wawan.
Rinciannya adalah kerugian dari pengadaan 3 unit QCC sebesar 1.974.911,29 dolar AS dan kerugian dari jasa pemeliharaan 3 unit QCC sebesar 22.828,94 dolar AS.
Atas perbuatannya, RJ Lino dikenakan pasal 2 ayat (1) atau pasal 3 UU No. 31 Tahun 1999 sebagaimana diubah dengan UU No. 20 tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi Jo Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP.
Terhadap dakwaan tersebut, RJ Lino akan mengajukan nota keberatan (eksepsi). "Saya sudah mendengar sebelumnya dan saya mengerti dan saya akan menyampaikan eksepsi. Saya juga mohon izinkan berkonsultasi secara langsung dengan penasihat hukum saya karena saya sudah 68 tahun dan sulit bila hanya 'online' dengan penasihat hukum, tentu dengan tetap menjaga protokol kesehatan di rutan," kata RJ Lino dalam persidangan.
Sidang pembacaan eksepsi akan dilakukan pada 16 Agustus 2021.