Setelah situasi dan kondisi stabil, Antam melanjutkan usaha pemanfaatan potensi tambang nikel, yang sudah ditemukan. Kemudian terjadi pergantian Bupati, sehingga Halmahera Selatan mengalami masa transisi. Dampaknya, kepengurusan administrasi perizinan menjadi terhambat. Di tengah upaya Antam melengkapi surat izin pinjam pakai, Bupati justru mengeluarkan surat peringatan pencabutan, yang disusul dengan Surat Keputusan No.71 Tahun 2008.
Akibatnya, Antam menderita kerugian. Antam mengaku telah mengeluarkan investasi Rp75 Milyar, stand by cost Rp2,5 Milyar, biaya community development Rp2,5 Milyar kepada Bupati, serta pengeluaran-pengeluaran lainnya.
Bagi Antam, gugatan yang dilayangkan bukanlah mengenai SK No. 71 Tahun 2008, maupun surat penetapan lainnya. Objek gugatan adalah perbuatan melawan hukum yang dilakukan oleh penguasa dalam hal ini Bupati.
Rupanya, Majelis tidak sependapat dengan dalil Antam. Setelah mencermati objek gugatan berdasarkan posita dan petitum, Majelis menilai substansi perkara aquo adalah Pembatalan SK Bupati Halmahera Selatan No. 71 Tahun 2008.
Di dalam petitum, Antam juga meminta majelis menyatakan semua SK Bupati Halmahera Selatan yang berkenaan dengan kuasa pertambangan yang diberikan kepada turut tergugat I, II, dan III melanggar wilayah kuasa pertambangan batal demi hukum.
Bagi majelis, SK Bupati jelas merupakan putusan pejabat tata usaha negara. Karena itu, yang berwenang mengadili perkara ini adalah Pengadilan Tata Usaha Negara.
Majelis beranggapan eksepsi yang diajukan para tergugat, dan turut tergugat I, terkait kewenangan absolut PN Jakarta Pusat beralasan menurut hukum dan wajib dikabulkan. Sehingga, perkara ini tidak dapat dilanjutkan.
