Bagi Pemohon, apabila permohonan a quo dikabulkan, maka pembinaan organisasi, administrasi, dan keuangan bagi pengadilan pajak dilakukan oleh Mahkamah Agung, (bukan lagi Kemenkeu, red) atau sistem satu atap. Hal ini akan memulihkan hak konstitusional Pemohon sebagai seorang hakim untuk dapat menjalankan tugas secara independen dan turut menjaga kemerdekaan dan kemandirian peradilan.
Sebelumnya, Pasal 5 UU Pengadilan Pajak itu dinilai telah mengurangi hak konstitusional pemohon yang menjadi bagian dari hakim yang memeriksa, memutus, dan menyelesaikan sengketa perpajakan. Sebab, selama ini pembinaan organisasi, administrasi dan keuangan pengadilan pajak masih di bawah kekuasaan Kementerian Keuangan, dan MA hanya berwenang melakukan pembinaan teknis yudisial. Hal ini, menurut Pemohon melanggar prinsip kemerdekaan/kemandirian kekuasaan kehakiman
Padahal, Putusan MK No. 6/PUU-XIV/2016 telah memberi tafsir terkait konstitusionalitas status/kedudukan pengadilan pajak. Dalam putusan itu, MK secara tegas menilai kedudukan pengadilan pajak berada di bawah kekuasaan MA sebagaimana dinyatakan dalam Pasal 24 ayat (2) UUD 1945 (one roof system).
Namun, dalam Putusan MK itu, MK menutup dengan menyatakan bahwa hal yang telah dijelaskan oleh Mahkamah itu harus menjadi catatan penting bagi pembentuk UU ke depannya. Menurutnya, kalimat penutup itu seharusnya bukan bentuk sikap MK yang menyerahkan kepada pembentuk Undang-Undang sebagai ketentuan norma yang bersifat open legal policy.
Setelah Putusan MK No. 6/PUU-XIV/2016 itu diucapkan dalam sidang pleno MK yang terbuka untuk umum pada kamis, 4 Agustus 2016, hingga saat ini tidak ada perubahan yang dilakukan oleh pembentuk UU untuk menyerahkan kekuasaan dalam hal pembinaan organisasi, administrasi, dan keuangan pengadilan pajak kepada MA. Padahal, dalam putusan MK itu, Mahkamah telah memberi catatan penting bagi pembentuk UU.
Pemohon meminta demi tetap tegak dan terjaganya konstitusi, MK sebagai the Guardian of Constitution menetapkan kedudukan pengadilan pajak masuk atau di bawah kekuasaan MA dengan mengalihkan pembinaan organisasi, administrasi, dan keuangan menjadi kewenangan MA.
Untuk itu, salah satu petitumnya, Pemohon meminta kepada Mahkamah Pasal 5 ayat (1) terhadap frasa “Pembinaan teknis peradilan” bertentangan secara bersyarat dengan UUD 1945 dan tidak memiliki kekuatan hukum mengikat sepanjang tidak dimaknai termasuk “organisasi, administrasi, dan keuangan”. Sehingga, Pasal 5 ayat (1) selengkapnya berbunyi “Pembinaan teknis, organisasi, administrasi, dan keuangan bagi Pengadilan Pajak dilakukan oleh Mahkamah Agung.”