Kondisi semakin sulit saat tuduhan pelecehan seksual terhadap Khan muncul pada Mei 2024, hanya beberapa minggu sebelum ia secara resmi mengumumkan permohonan surat perintah penangkapan. Tuduhan tersebut diajukan oleh seorang staf ICC, namun MEE mendapatkan fakta bahwa staf tersebut sebelumnya justru pernah meminta bantuan Khan untuk mengadukan pejabat ICC lainnya.
“Saya tidak suka drama atau permainan yang sedang dimainkan. Saya tidak ingin menjadi pion dalam permainan apapun. Saya tidak tahu harus berpijak di mana,” tulis staf tersebut.
Dalam surat Khan kepada Kepala Kantor Pengawasan Internal Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB). Dia menegaskan bahwa dirinya tidak akan membalas siapapun atas tuduhan yang diajukan. “Saya tidak akan melakukan tindakan pembalasan terhadap siapapun terkait dengan masalah ini atau yang lainnya,” tulisnya.
Sementara itu, asisten khusus Khan, Thomas Lynch yang ditugaskan menjalin komunikasi dengan Israel, disebut menjadi tokoh kunci dalam eskalasi masalah internal ICC. Lynch merupakan orang pertama yang menyebarkan tuduhan pelecehan tersebut ke unit pengawasan internal. Kemudian mendorong upaya untuk menskors Khan dari jabatannya. Namun kepada MEE, dia membatah semua klaim dalam laporan tersebut palsu dan menyesatkan.
Puncak dari tekanan terjadi saat Khan bertemu pengacara pembela berkebangsaan Inggris-Israel, Nicholas Kaufman di Hotel des Indes, Den Haag. Kaufman menyampaikan usulan yang katanya datang dari penasihat hukum Netanyahu. Dalam catatan resmi ICC, Kaufman memperingatkan Khan bahwa jika surat perintah penangkapan pimpinan Israel tidak ditarik, mereka akan menghancurkannya dan ICC. Namun, dia membantah telah mengancam Khan.
“Saya hanya menyampaikan pandangan pribadi saya mengenai situasi Palestina. Namun, memang Khan harus mencari cara untuk menghentikan proses penyelidikan terhadap pimpinan Israel,” jelas Kaufman.
Kendati demikian, di tengah tekanan tersebut, ICC tetap berjalan. Pada 19 Mei 2025, Khan secara resmi mengajukan surat perintah penangkapan terhadap Netanyahu dan Gallant, serta para pemimpin Hamas. Namun status surat perintah untuk tokoh-tokoh Israel lainnya, seperti Bezalel Smotrich dan Itamar Ben Gvir, kini dirahasiakan menyusul perintah pengadilan untuk tidak mempublikasikan proses selanjutnya.
