Mengacu 3 kasus pelanggaran HAM yang pernah dibawa ke pengadilan HAM ad hoc yakni Timor Timur, Tanjung Priok, dan Abepura ujungnya semua terdakwa dibebaskan karena alat bukti tidak cukup memberikan keyakinan kepada hakim. Proses itu juga tidak memberikan kompensasi dan restitusi kepada korban. Ketiga, kesulitan memperoleh alat bukti dalam peristiwa pelanggaran HAM berat masa lalu karena peristiwa sudah terjadi dalam kurun waktu yang lama dan lokasi peristiwa sudah berubah.
Keempat, penyelidikan yang dilakukan Komnas HAM sifatnya proyustisia, sehingga perlu izin dari ketua pengadilan. Sementara pengadilan HAM ad hoc belum terbentuk, sehingga menghambat Komnas HAM dalam melakukan penyelidikan.
Kelima, ada perbedaan pandangan dimana Komnas HAM menyimpulkan ada bukti permulaan yang cukup, tapi kejaksaan selaku penyidik biasanya berpendapat hasil penyelidikan belum bisa menunjukan terjadinya dugaan pelanggaran HAM berat. Keenam, pembentukan pengadilan HAM ad hoc dibentuk berdasarkan usulan DPR dan ditindaklanjuti dengan Keputusan Presiden. Tapi sayangnya UU No.26 Tahun 2000 tidak mengatur tegas siapa yang berhak mengajukan usulan itu kepada DPR.
Ketujuh, ada 2 pertentangan asas dimana setiap perkara harus ada akhirnya, tapi dalam pelanggaran HAM berat tidak mengenal daluarsa. Untuk menyelesaikan kasus pelanggaran HAM berat melalui mekanisme KKR juga tidak mudah. Apalagi setelah MK membatalkan UU No.27 Tahun 2004 tentang KKR, sehingga mekanisme KKR sampe sekarang belum bisa dilakukan.
Meskipun menghadapi berbagai tantangan dalam penyelesaian pelanggaran HAM berat masa lalu, Rudy menyebut pemerintah terus melakukan upaya penyelesaian pelanggaran HAM berat. Misalnya tim terpadu dugaan pelanggaran HAM berat menggulirkan bantuan untuk korban dugaan pelanggaran HAM berat kasus Talang Sari, Lampung. Selain itu pemerintah juga tengah menyusun RUU KKR.
“Kami mendorong penyusunan RUU KKR dan regulasi turunannya untuk penanganan kasus pelanggaran HAM berat yang berperspektif korban,” katanya.
Sebelumnya, Peneliti Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN), Asvi Warman Adam, mengingatkan janji kampanye Joko Widodo-Jusuf Kalla salah satunya menyelesaikan kasus pelanggaran HAM berat masa lalu. Dalam pidato peringatan hari HAM internasional tahun 2020, Presiden Jokowi melalui Menkopolhukam memerintahkan agar penyelesaian masalah HAM berat masa lalu diselesaikan dengan hasil yang dapat diterima semua pihak.
