Politisi PBR di Komisi III, Anhar, juga mempertanyakan mengapa pemerintah tidak mencantumkan kata-kata rehabilitasi dalam MuO tersebut. Padahal mungkin saja ada di antara mereka yang ditahan bukan betul-betul anggota GAM namun hanya terkait saja. Untuk mereka ini seharusnya diberi juga rehabilitasi.
Satu hal lagi yang dipertanyakan oleh anggota Komisi III adalah batasan waktu 15 hari yang disepakati oleh pemerintah untuk memberikan amnesti pada anggota GAM. Mereka mempertanyakan kemampuan pemerintah untuk melakukan itu dan apa konsekuensinya jika pemerintah tidak sanggup untuk memenuhi ketentuan waktu tersebut.
Disebut implisit
Menanggapi kritik tersebut, menteri Hukum dan HAM Hamid Awaludin mengatakan bahwa meski tidak disebut secara eksplisit namun sebenarnya sudah ada pengertian abolisi dalam MoU tersebut. "Dalam poin 3.1.2 secara implisit sudah ada abolisi di di situ," jelas Hamid .
Poin MoU yang dimaksud oleh Hamid berbunyi sebagai berikut. Narapidana dan tahanan politik yang ditahan akibat konflik akan dibebaskan tanpa syarat secepat mungkin dan selambat-lambatnya 15 hari sejak penandatanganan Nota Kesepahaman ini.
Sedangkan soal waktu 15 hari, Hamid mengatakan bahwa hal itu dimaksudkan untuk mempercepat pelaksanaan rekonstruksi di Aceh. Pasalnya, salah satu kunci dimulainya rekonstruksi adalah dengan pemberian amnesti tadi. Dia juga yakin bahwa waktu 15 hari itu masih masuk akal.
Menteri Sekretariat Negara, Yusril Ihza Mahendra, juga mengatakan bahwa soal Rehabilitasi juga sudah secara implisit terdapat dalam rumusan MoU. Hal tersebut menurutnya bisa dilihat dari kata-kata 'dipulihkan hak politiknya' dalam rumusan MoU poin 3.2.1.
Dalam prakteknya, rehabilitasi juga jarang dipergunakan atau diberikan kepada tahanan politik. Yusril mencontohkan Wakil Ketua MPR AM Fatwa. Dia diberi hanya diberikan amnesti, namun kemudian bebas untuk dicalonkan oleh perpolnya untuk duduk sebagai wakil rakyat.