Kasus ini merupakan contoh kasus yang sarat dengan permasalahan internal pemerintah. Permasalahan tersebut berkaitan dengan ketidaktersediaan dana untuk pengujian laboratorium sampel minyak pencemar, dan tidak digunakannya teknologi penginderaan jauh.
Kasus pencemaran Desember 2003, pada awalnya telah ditangani dengan baik, dimana telah dibentuk (1) Penanggungjawab Koordinasi yang dilakukan dalam kordinasi Pemda Kabupaten, (2) Monitoring Pulau Tercemar dilakukan dalam koordinasi TNLKpS, dan (3) Penegakan Hukum dikoordinasikan dan dilakukan oleh Kantor Meneg KLH. Pengambilan sampel (pulau tercemar, dan Anjungan Minyak China National Oil Offshore Corporation/CNOOC) telah dilakukan oleh Penyidik KLH yang didampingi PPNS dan Perwakilan Sektoral Terkait (TNL, Dephub, Pemda Kabupaten, BPLHD). Penyidik KLH didampingi PPNS TNL telah melakukan beberapa pemeriksaan saksi dari TNL sebagai Pelapor, Sektoral Terkait (Dephub, BP Migas, Dept. ESDM), beberapa pakar ahli perminyakan, dan beberapa manajemen CNOOC dan BP Indonesia.
Sayang, hingga kini belum ada satu pun tersangka kasus ini. Kendala yang dihadapi adalah Penyidik KLH tidak dapat melakukan uji laboratorium 16 sampel minyak dari Anjungan Minyak CNOOC.
Di samping kasus pencemaran besar tersebut, terjadi pula pencemaran minyak mentah pada bulan April/Mei 2004. Pada kasus ini, TNLKpS melakukan monitoring dan pemantauan terhadap dampak pencemaran yang meliputi sekitar 30 pulau di Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu (sekitar 40 persen Pulau dalam TNLKpS).
Kasus pencemaran terakhir yang terjadi pada 5 Oktober 2004 lalu misalnya. Pengelola Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu (TNLKpS) mengetahui bahwa di Kepulauan Seribu telah terjadi kembali pencemaran minyak, terutama di Perairan dan Pulau Pramuka, Panggang dan Karya, yang merupakan Wilayah Zona Permukiman TNLKpS.
Pencemaran minyak tersebut merupakan pencemaran minyak terbesar yang pernah terjadi dan mengenai Perairan dan Pulau Pramuka, Panggang dan Karya. Besaran pencemaran seperti hamparan lapangan seluas sekitar 1 (satu) kilometer persegi dan alur sungai sepanjang sekitar 3 kilometer, dengan ketebalan sekitar 3-7 cm. Jenis minyak diperkirakan minyak mentah.
Kepala Pusat Informasi Departemen Kehutanan Transtoto Handadhari mengatakan bahwa pencemaran minyak di Kepulauan Seribu telah berakibat nyata pada gangguan ekosistem Kepulauan Seribu dalam jangka panjang secara bertahap, baik terumbu karang, padang lamun, mangrove, penyu, maupun biota laut lainnya.
Kasus pencemaran minyak Kepulauan Seribu telah menjadi pembahasan berbagai pihak semisal kasus pencemaran pada bulan Desember 2003, kasus pencemaran pada bulan April/Mei 2004, dan kasus pencemaran pada Oktober 2004 lalu. Kasus-kasus tersebut sudah dilaporkan Pengelola Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu dan Pemda setempat ke berbagai pihak terkait.
Pencemaran minyak cukup besar terjadi pada bulan Desember 2003. Kasus pencemaran minyak ini diketahui oleh Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu pada tanggal 28 Desember 2003, yang segera ditindaklanjuti dengan pembentukan Tim Terpadu dan kunjungan ke lapangan. Kunjungan ke lapangan, dilakukan sekaligus dengan pengambilan sampel prosedural oleh PPNS Kementerian Lingkungan Hidup yang didampingi oleh PPNS TNLKpS, Pemda Kabupaten, BPLHD Propinsi, dan Perwakilan Instansi Sektoral terkait lainnya.
Pada kasus pencemaran bulan Desember 2003 seluruh pulau (78 pulau) di Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu tercemar, saat ini, proses penegakan hukumnya masih pada tahap Pengumpulan Barang Bukti (PULBAKET).