Ikatan Dokter Indonesia awalnya bernama perkumpulan Vereniging van Indische Artsen dan berubah menjadi Vereniging van Indonesische Geneeskundigen (VIG). Perubahan nama ini disebabkan landasan politik yang menjelma dari timbulnya rasa nasionalisme, di mana dokter pribumi dianggap sebagai dokter kelas dua, sehingga kata Indische berubah menjadi Indonesische.
Oleh sebab itu, profesi dokter menimbulkan rasa kesatuan atau paling tidak meletakkan sendi-sendi persatuan. Tujuan VIG tersebut adalah untuk menyuarakan pendapat dokter, yang pada saat itu persoalan pokoknya adalah mempersamakan kedudukan antara dokter pribumi dengan dokter Belanda dari segi kualitasnya.
Tujuan didirikannya IDI adalah:
1. Meningkatkan derajat kesehatan rakyat Indonesia
2. Mengembangkan ilmu kesehatan serta IPTEK Kedokteran
3. Membina dan mengembangkan kemampuan profesi anggota
4. Meningkatkan kesejahteraan anggota
Ikatan Dokter Indonesia merupakan satu-satunya organisasi profesi bagi dokter di seluruh wilayah Indonesia seperti yang tertuang di dalam Undang-Undang Praktik Kedokteran No.29 Tahun 2004.
Dalam undang-undang ini turut diatur:
- Asas dan tujuan penyelenggaraan praktik kedokteran yang menjadi landasan yang didasarkan pada nilai ilmiah, manfaat, keadilan, kemanusiaan, keseimbangan serta perlindungan dan keselamatan pasien.
- Pembentukan Konsil Kedokteran Indonesia yang terdiri atas Konsil Kedokteran dan Konsil Kedokteran Gigi disertai susunan organisasi, fungsi, tugas, dan wewenang.
- Registrasi dokter dan dokter gigi.
- Penyusunan, penetapan, dan pengesahan standar pendidikan profesi dokter dan dokter gigi.
- Penyelenggaraan praktik kedokteran.
- Pembentukan Majelis Kehormatan Disiplin Kedokteran Indonesia.
- Pembinaan dan Pengawasan praktik kedokteran dan
- Pengaturan ketentuan pidana.