Perda yang bertentangan dengan peraturan perundang-undangan yang lebih tinggi adalah Perda yang baik prosedur pembentukan dan atau isinya bertentangan dengan Peraturan Pemerintah, Undang-Undang, dan peraturan peraturan perundang-undangan lain yang dalam tata urutan berada di atas Perda. Dari hasil penelitian yang penulis lakukan di Bengkulu, terungkap bahwa Perda yang dibatalkan Pemerintah lebih sering bertentangan UU No.34 Thn 2000 tentang Pajak dan Retribusi Daerah, PP No. 65 Tahun 2001 tentang Pajak Daerah, PP No. 66 Tahun 2001 tentang Retribusi Daerah, dan peraturan-peraturan lain yang dikeluarkan oleh Menteri mengenai izin usaha, perdagangan, dan sebagainya.
Sebagai contoh, Surat Keputusan Menteri Dalam Negeri No. 3 Tahun 2006 telah membatalkan Perda Provinsi Bengkulu No. 2 Tahun 2003 tentang Pengusahaan Pertambangan Umum. Ada pula pembatalan Perda Kabupaten Bengkulu Utara No. 13/2002 tentang Retribusi Produksi Minyak Kelapa Sawit. Tahun 2002 silam Mendagri juga membatalkan Perda Kabupaten Bengkulu Selatan No. 21/2000 tentang Retribusi Kartu Ternak.
Perda Kota Bogor No. 9 Tahun 2004 tentang Izin Usaha Kepariwisataan misalnya dibatalkan Mendagri lantaran dianggap bertentangan dengan peraturan yang lebih tinggi, yakni pasal 103 PP No. 67 Tahun 1996 tentang Penyelenggaraan Kepariwisataan. Dua Perda Bogor yang juga dibatalkan Mendagri adalah Perda No. 11 Tahun 2004 tentang Perizinan di Bidang Perindustrian dan Perdagangan, dan Perda No. 2 Tahun 2004 tentang Retribusi Bidang Penyelenggaraan Lalu Lintas dan Angkutan Jalan.
Pertentangan terjadi antara lain karena Perda tumpang tindih dengan pajak pusat, seperti Pajak Komoditi Perkebunan (PKP) dengan Pajak Bumi dan Bangunan (PBB), serta pertentangan Pajak Pengelolaan Migas (PPM) dengan PPN dan PBB. Dalam praktek, suatu daerah tetap memberlakukan pajak kepada badan usaha padahal badan usaha bersangkutan sudah dikenakan pajak oleh Pusat. Ini sering ditemukan pada sektor pertambangan.
Pengaturan Sanksi dan Pengawasan
Dalam rumusan UU No. 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah, UU No. 34 Tahun 2000 maupun sejumlah peraturan Menteri, memang tidak diketemukan ketentuan yang mengatur sanksi apabila Pemda tidak menyampaikan rancangan Perda tentang pajak dan retribusi kepada pemerintah. Akibatnya, Pemda ogah-ogahan dan terkesan membangkang. Ini menunjukkan bahwa pemerintah daerah masih belum mampu memaknai secara komprehensif dan holistik mengenai hak, wewenang serta kewajiban sebagai bagian dari pemerintah pusat dalam penyelenggaraan pemerintahan.
Merumuskan dan melakukan revisi UU No. 34 Tahun 2000 ataupun UU No. 32 Tahun 2004 yang mengatur mengenai sanksi bagi Pemda adalah sangat bijak dan menjadi keniscayaan. Meskipun disadari, untuk mencari formulasi sanksi yang tepat tidaklah mudah, karena tidak mungkin memberikan sanksi yang bersifat politis. Kalaupun dimungkinkan hanya sanksi administratif yang dapat diberikan kepada Pemda. Bentuknya dapat berupa penataan kembali suatu daerah otonom, evaluasi terhadap bantuan pusat kepada daerah, atau penangguhan DAU.
Berkaitan dengan pengawasan terhadap penyelenggaraan pemerintahan daerah khususnya pembentukan Perda oleh pemerintah daerah propinsi, kabupaten/kota, selama ini dikenal adanya pengawasan preventif dan represif. Pengawasan preventif berlangsung dimana pengawasan yang dilakukan sebelum keputusan atau peraturan efektif berlaku. Pengawasan ini dikhususkan terhadap rancangan Perda yang mengatur pajak dan retribusi daerah, APBD, dan tata ruang daerah sebelum disahkan oleh kepala daerah terlebih dahulu dievaluasi oleh Mendagri. Begitupun terhadap hierarki pemerintahan di bawanya, gubernur mengevaluasi Perda Kabupaten dan Kota. Sedangkan pengawasan represif dilakukan setelah Perda ditetapkan dan diberlakukan.