Dalam perkara ini, Syafruddin bersama-sama dengan Dorodjatun, Sjamsul dan istrinya Itjih Nursalim didakwa merugikan negara hingga Rp4,58 triliun lantaran menerbitkan SKL BLBI kepada Sjamsul pada 2004 silam. Ia diduga telah melakukan penghapusan piutang BDNI kepada petani tambak yang dijamin oleh PT Dipasena Citra Darmadja (PT DCD) dan PT Wachyuni Mandira (PT WM).
Perusahaan milik Sjamsul, BDNI diketahui menerima kucuran dana sebesar Rp 37 triliun yang terdiri dari fasilitas surat berharga pasar uang khusus, fasilitas saldo debet dan dana talangan valas. Selain itu, BDNI disebut menerima BLBI sebesar Rp 5,4 triliun dalam periode setelah 29 Januari 1999 sampai dengan 30 Juni 2001 berupa saldo debet dan bunga fasilitas saldo debet.
Namun kemudian BDNI melakukan penyimpangan dalam penggunaan dana puluhan triliun tersebut. BPPN kemudian menetapkan BDNI sebagai bank yang melakukan pelanggaran hukum. Sehingga BDNI diwajibkan mengikuti Penyelesaian Kewajiban Pemegang Saham (PKPS) dengan pola perjanjian Master Settlement Aqcusition Agreement (MSAA).
Berdasarkan perhitungan, jumlah kewajiban yang harus dibayar BDNI adalah sebesar Rp 47,2 triliun. Jumlah itu terdiri dari BLBI sebesar Rp 30,9 triliun, simpanan nasabah dan utang sebesar Rp 7,06 trilun, serta kewajiban balance sheet berupa utang BLBI kepada BI sebesar Rp 4,7 triliun dan L/C serta utang lainnya sebesar Rp 4,58 triliun.
Namun, sisa utang BDNI yakni sebesar Rp 4,58 triliun belum dibayarkan. Sementara Syafruddin, yang menjadi Kepala BPPN sejak 22 April 2002, kemudian menandatangani surat yang menjelaskan bahwa Sjamsul sudah menyelesaikan kewajiban PKPS.