Namun, sebelumnya penuntut umum merasa yakin melimpahkan perkara bioremediasi CPI ini ke Pengadilan Tipikor Jakarta. Selain mengantongi sejumlah alat bukti, penuntut umum memiliki beberapa pertimbangan mengapa melimpahkan perkara bioremediasi ke Pengadilan Tipikor Jakarta dan bukan Pengadilan Tipikor Pekanbaru.
Kasi Pidsus Kejaksaan Negeri JakartaSelatanArif Zahrulyani beralasan, sesuai pertimbangan penuntut umum, transaksi dan pembayaran dilakukan di Jakarta. Saksi-saksi pun sebagian besar bertempat tinggal di Jakarta. Kantor pusat CPI juga berlokasi di Jakarta. Semua alasan itu dilakukan untuk efektivitas dan efisiensi penuntutan.
Selain lima terdakwa, Kejagung masih menyidik dua tersangka lain, mantan General Manager SLS Operation Bachtiar Abdul Fatah dan General Manager SLN Operation Alexiat Tirtawidjaja. Perkara Bachtiar belum dapat dinyatakan lengkap karena putusan praperadilan Pengadilan Negeri Jakarta Selatan menyatakan penetapan tersangka tidak sah.
Kejagung telah mencoba melakukan upaya banding. Namun, Pengadilan Negeri Jakarta Selatan tidak memproses memori banding jaksa karena KUHAP tidak memperkenankan upaya hukum terhadap putusan praperadilan. Sementara, terhadap Alexiat belum pernah dilakukan pemeriksaan karena masing menunggu suaminya yang sakit di Amerika Serikat.
Kejagung mengaku mengantongi sejumlah alat bukti untuk memperkuat dugaan korupsi yang dilakukan ketujuh tersangka. Seperti, hasil pemeriksaan saksi, ahli, uji laboratorium yang menyatakan tanah bioremediasi CPI positif tercemar limbah, serta hasil audit BPKP terkait kerugian negara senilai AS$9,9 juta atau setara Rp100 miliar.