Aspek ketiga adalah penyesuaian penghitungan PPN dan PPNBM (Pasal 17) sedangkan aspek keempat adalah Penyesuaian Dasar Pengenaan Pajak (DPP) yang digunakan dalam rangka penentuan PPN dan PPnBM dalam hal dilakukan pemeriksaan (Pasal 17 (3)).
Aspek kelima dari substansi ini mengenai penentuan kurs menteri keuangan yang digunakan untuk menghitung PPN atau PPN dan PPnBM terutang dalam hal transaksi dilakukan dengan menggunakan mata uang selain rupiah (Pasal 21).
Untuk substansi terakhir dalam PP Nomor 44 Tahun 2022 yaitu yang tidak berubah dari PP sebelumnya meliputi pengusaha yang wajib dikukuhkan sebagai Pengusaha Kena Pajak (PKP).
Substansi yang tidak berubah juga mengenai pengaturan lebih lanjut terkait BKP/JKP yang meliputi penyerahan JKP di dalam daerah pabean (Pasal 8), pengalihan BKP untuk setoran modal pengganti saham (Pasal 11) serta jenis barang dan jasa yang tidak dikenai PPN (Pasal 13).
Tak hanya itu, substansi yang tidak berubah dari PP sebelumnya juga tentang pengaturan DPP PPN atau PPN dan PPnBM serta penghitungan PPN dan PPnBM terkait nilai kontrak atau perjanjian yang di dalamnya sudah termasuk PPN atau PPN dan PPnBM.
Kemudian juga tentang penghapusan piutang dan musnah atau rusaknya BKP tidak mengakibatkan penyesuaian PPN yang telah dilaporkan, hak pengembalian atas PPN atau PPN dan PPnBM yang salah dipungut, tempat pengkreditan pajak masukan serta penentuan saat dan tempat terutangnya PPN atau PPN dan PPnBM.
Substansi terakhir yang tidak berubah sekaligus mengenai ketentuan pengisian keterangan dalam faktur pajak, faktur pajak yang dibuat setelah melewati jangka waktu tiga bulan sejak faktur pajak seharusnya dibuat tidak diperlakukan sebagai faktur pajak serta pengaturan lebih lanjut terkait PKP pedagang eceran.