Meskipun ada perselisihan, para pihak sepakat untuk meneruskan kontrak. Samsun Logix pun kembali membayar biaya sewa kapal. Namun tidak termasuk tunggakan pembayaran sewa kapal dan kekurangan biaya perbaikan kapal. Dengan penerusan pembayaran sewa, Jaya Samudra berkeyakinan Samsun Logix sanggup membayar sewa. Niat untuk mengakiri perjanjian sewa menyewa urung dilakukan. Perjanjian pun terus berlanjut hingga jangka waktu perjanjian berakhir.
Masalah kembali muncul ketika perjanjian berakhir pada 17 Oktober 2008. Samsun Logix hanya mengembalikan kapal yang disewa. Padahal Samsun Logix masih memiliki tunggakan pembayaran sewa terhitung 5 September 2008 hingga 17 Oktober 2008 sebesar AS$842.382.
Kuasa hukum Jaya Samudra, Rudyantho menilai hal itu tidak saja sebagai wanprestasi, melainkan sebagai perbuatan melawan hukum. Samsun Logix telah beritikad buruk, ujar Rudyantho. Sebab Samsun Logix telah melalaikan tanggung jawabnya terhadap Jaya Samudra setelah menggunakan dan mengambil keuntungan atas penggunaan kapal.
Jaya Samudra telah berkali-kali melakukan penagihan, namun Samsun Logix sama sekali tidak memberi tanggapan. Akibatnya, Jaya Samudra mengalami kerugian. Tidak saja kerugian atas tunggakan sewa menyewa sebesar AS$842.382. Jaya Samudra juga mengalami kerugian lain seperti kerugian bunga dan potensi keuntungan usaha yang nilainya sebesar AS$3 juta. Dalam gugatannya, Jaya Samudra menuntut ganti kerugian sejumlah tersebut.
Selain itu, Jaya Samudra juga mengajukan permohonan sita jaminan terhadap 18 kapal milik Samsun Logix, antara lain kapal Motor Vessel (MV) Ataraxia, MV Pretty Flourish, MV Samsun Earnest, MV Samsun Legend dan MV Samsun Korea Gas. Permohonan ini diajukan lantaran Samsun Logix dinilai telah beritikad buruk sehingga ada kekhawatiran Samsun Logix akan mengalihkan kapal-kapal tersebut.
Saat dihubungi via pesan singkat, Selasa (03/3), kuasa hukum Samsun, Immanuel A. Indrawan tidak bersedia memberikan komentar.
Perjanjian sewa menyewa kapal antara PT Jaya Samudra Karunia Shipping dan Samsun Logix Corporation berakhir ‘ricuh'. Para pihak tidak saja berselisih di Arbitrase New York, Amerika Serikat, namun juga di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat. Adalah Jaya Samudra yang menggugat Samsun. Majelis hakim yang diketuai Makassau menggelar perkaranya, Selasa (03/3), dengan agenda pembacaan gugatan.
Dalam gugatan dijelaskan, sewa menyewa kapal antara Jaya Samudra dan Samsun Logix dituangkan dalam perjanjian Time Charter pada 31 Agustus 2007. Tiga bulan setelah penandatanganan perjanjian, tepatnya 28 November 2007, Jaya Samudra menyerahkan kapal yang disewakannya kepada Samsun Logix. Sejak itulah perusahaan asal Republik Korea Selatan itu bertanggung jawab atas keselamatan dan keamanan kapal.
Akhir Desember 2007 kapal mengalami kecelakaan dan berakibat kerusakan sehingga harus dilakukan perbaikan pada kapal. Dari peristiwa ini mulai terjadi perselisihan antara Jaya Samudra dan Samsun Logix soal tunggakan pembayaran sewa kapal dan kekurangan biaya perbaikan kapal yang tidak dilunasi Jaya Samudra.
Jaya Samudra kemudian membawa perkara tersebut ke Arbitrase New York pada Mei 2008. Jaya Samudra menuntut pembayaran dan tunggakan tersebut. Di arbitrase, Samsun Logix kemudian menggugat balik (rekonvensi) Jaya Samudra. Samsun Logix mendalilkan, justru Jaya Samudra yang harus membayar sejumlah uang kepada mereka. Sayang dalam gugatan tidak disebutkan jumlahnya. Hingga kini proses arbitrase masih berlangsung.