Dalam praktik, seperti dijelaskan Prof. Bhen, dalam bukunya, telah terjadi pelanggaran hukum dalam mekanisme pembatalan Perda. Sebab, pembatalannya dilakukan oleh Menteri Dalam Negeri dengan Keputusan Menteri. Padahal UU Pemda 2004 mengisyaratkan pengawasan Perda dilakukan Presiden. Bisa jadi, penyimpangan itu terkait rumusan Peraturan Pemerintah No. 79 Tahun 2005 tentang Pedoman Pembinaan dan Pengawasan Penyelenggaraan Pemerintahan Daerah. Di sini, pengawasan terhadap Perda dan Peraturan kepala Daerah dilakukan Mendagri. Anehnya lagi, pasal 37 ayat (1) PP ini menyebutkan Perda yang bertentangan dengan kepentingan umum atau peraturan perundang-undangan yang lebih tinggi dibatalkan oleh Presiden atas usul Menteri Dalam Negeri. Sementara pembatalan Peraturan Kepala Daerah yang bertentangan dengan kepentingan umum dan peraturan lebih tinggi dilakukan Menteri Dalam Negeri dengan Permendagri.
Kekosongan dan kelemahan pengaturan ketiga produk hukum daerah tersebut diperumit lagi dengan lahirnya Permendagri No. 15 Tahun 2006 tentang Jenis dan Bentuk Produk Hukum Daerah. Permendagri ini mengenai Peraturan Bersama Kepala Daerah dan Instruksi Kepala Daerah.
PP No. 79 Tahun 2005 juga membuat rancu tentang siapa yang membatalkan Perda. Di satu sisi disebut dibatalkan oleh Presiden dengan Perpres, tetapi di sisi lain dibatalkan oleh Menteri Dalam Negeri melalui SK Menteri. Bentuk produk hukum yang membatalkan (Peraturan Presiden dan Surat Keputusan Menteri) akan membawa implikasi. Peraturan Presiden mengenal mekanisme judicial review ke Mahkamah Agung, sedangkan SK tidak mengenalnya. Suatu SK digugat ke PTUN.
Ketidaksinkronan peraturan perundang-undangan itu turut memperkeruh praktik otonomi daerah di Indonesia. I Made Suwandi, Direktur Fasilitasi Kebijakan dan Pelaporan Otonomi Daerah Departemen Dalam Negeri, membenarkan sinyalemen itu. Kondisi ini, kata Made, diperparah kurangnya pemahaman terhadap hakekat otonomi daerah, disamping praktik otonomi daerah di Indonesia yang berbeda dengan di negara lain.
Kondisi demikian akan berimbas lebih jauh. Dekan Fakultas Hukum Universitas Indonesia, Safri Nugraha, menyatakan kesalahan pemahaman terhadap otonomi daerah itulah yang melahirkan tumpang tindih perizinan di banyak daerah. Masa ada puluhan izin dikeluarkan untuk lokasi yang sama, ujarnya.
Pengaturan mengenai pembentukan Peraturan Daerah (Perda) di Indonesia memperlihatkan ketidaktaatan asas. Menurut pasal 18 ayat (6) UUD 1945, Perda dan peraturan-peraturan lain ditetapkan oleh pemerintahan daerah. Sementara, berdasarkan pasal 7 ayat (2) Undang-Undang No. 32 Tahun 2004, Perda dibuat oleh DPRD bersama kepada daerah. Sebaliknya, bagian Penjelasan Umum butir 7 UU Pemda tersebut, Perda dibuat oleh DPRD bersama dengan pemerintah daerah. Pada Undang-Undang yang sama, pasal 136, disebutkan bahwa Perda ditetapkan oleh kepala daerah setelah mendapat persetujuan bersama DPRD.
Ketidaktaatan asas ini merupakan salah satu kritik yang disampaikan Guru Besar Ilmu Administrasi Negara Prof. Bhenyamin Hoessein dalam diskusi mengiringi peluncuran bukunya Perubahan Model, Pola, dan Bentuk Pemerintahan Daerah: Dari Era Orde Baru ke Era Reformasi di Depok, Rabu (19/8).
Selain itu, Prof. Bhen mengingatkan bahwa Undang-Undang No. 32 Tahun 2004 tentang Pemda tidak mengatur hubungan antara Perda Provinsi dan Perda Kabupaten/Kota. Sehingga tidak jelas apakah hubungannya hierarkis atau setara. Pasal 18 ayat (1) UUD 1945 menghendaki hubungan provinsi dan kabupaten/kota bersifat hierarkis. Hal ini juga dapat dirujuk ke TAP No. IV/MPR/2000 yang menghendaki otonomi daerah yang bertingkat dari provinsi sampai ke desa. Tetapi kalau merujuk pada UU No. 10 Tahun 2004, Perda Provinsi berkedudukan lebih tinggi dibanding Perda Kabupaten/Kota.
Undang-Undang Pemda membedakan tiga jenis produk hukum daerah otonom: dua produk hukum berupa pengaturan (yaitu Perda dan Peraturan Kepala Daerah), dan satu berupa pengurusan (SK Kepala Daerah). Dua yang pertama memiliki norma yang umum dan abstrak, sedangkan yang terakhir bersifat penetapan yang bisa digugat ke Pengadilan Tata Usaha Negara.
Pelanggaran hukum
Setiap Perda wajib disampaikan kepada Pemerintah. Merujuk pada pasal 1 butir 1 UU Pemda, Pemerintah di sini adalah Presiden. Menurut Prof. Bhen, penyampaian Perda kepada Pemerintah adalah dalam rangka pengawasan refresif. Cuma, dari berbagai jenis produk hukum daerah otonom, termasuk Peraturan Desa, hanya Perda yang tunduk pada pengawasan refresif. Pasal 145 ayat (2) UU Pemda menentukan bahwa Perda yang bertentangan dengan kepentingan umum atau peraturan perundang-undangan yang lebih tinggi dapat dibatalkan oleh Pemerintah. Pembatalan Perda, Provinsi atau Kabupaten/Kota, mestinya dilakukan oleh Presiden.